鲩肠袋虫是一种存在于草鱼肠道内的纤毛虫,可能与草鱼出血性肠炎有关。前人对于鲩肠袋虫已经做了大量研究,但这些研究主要集中于形态分类和病理研究等方面。虽然也有关于系统发育的一些报道,全是基于形态特征或单基因。然而该类群中基于大量同源基因开展的系统发育基因组学的研究却一直处于空白。因此,本文以鲩肠袋虫为研究对象,利用单细胞测序技术,获得了大量转录组数据。并在此基础上,开展了系统发育基因组学研究,主要结果如下:1.发展了一种适用于鲩肠袋虫的单细胞转录组测序方法:1)通过0.65%无菌NaCl溶液进行多次清洗去除食物残渣及细胞表面细菌,并利用滤膜处理肠道内容物获得无菌溶液。该步骤可延长鲩肠袋虫的生存时间,以便其消化胞内的外来物质,最终降低测序污染。2)利用HiSeq4000平台进行单细胞转录组测序,获得平均长度为150 bp的读段(本研究共获得1.9 M对读段,原始数据量为5.8 Gb)。该方法也同样适用于一些生活环境复杂、不可进行培养且难以大量获得生物样品的物种。2.通过单细胞转录组测序,获得了首个鲩肠袋虫的转录组,并对其进行了功能注释:通过读段质量筛选,获得了96.88%的高质量数据;基于过滤后的数据进行组装,得到了43.3Mb的初始转录组,进一步优化处理得到了19.4Mb,含38,426条转录本序列的转录组;通过对其进行Gene Ontology(GO)与KEGG注释,得到了大量转录本注释信息,预测了鲩肠袋虫的代谢通路,如氧化磷酸化通路,为深入的功能分析提供了大量信息。3.基于单细胞转录组数据,开展了鲩肠袋虫系统发育基因组学的研究。通过整合鲩肠袋虫单细胞测序转录组及其他26种纤毛虫的组学数据,鉴定到了这些物种间的125个直系同源基因(共48,102个氨基酸位点)用于系统发育基因组学分析。基于上述125个基因的系统发育基因组学分析的结果分析了Colpodea,Oligohymenophorea,Litostomatea,Spirotrichea,Heterotrichea和Protocruzia这六个纤毛虫类群间的系统发育关系,发现鲩肠袋虫与漫游虫的分类位置较为接近。