羊栖菜是重要的大型经济海藻之一,在食品、医药、化工领域都有广泛应用。本研究对羊栖菜养殖生产中常见的品系“鹿丰1号”及另外2种品系进行了DNA指纹分析及遗传变异的研究,构建了遗传指纹图谱,分析了不同种群的遗传关系,为羊栖菜的种质鉴定及遗传选育提供了理论依据。运用RAPD分子标记技术,对5个羊栖菜的种群中共125个个体进行了分析,从300个引物中筛选出12条随机扩增引物共扩增135个位点,多态位点比率为84.4%。从中选择了4个多态性位点,构建了5种羊栖菜DNA指纹图谱,并获得了“鹿丰1号”SCAR标记。另外,进行了5种羊栖菜种群的遗传背景的分析,结果表明“鹿丰1号”与品系2可以明显的与野生种群分开。根据Dice常数计算所得的5个种群的遗传距离在0.1116-0.2563之间。运用ISSR分子标记技术,对5个种群的125个羊栖菜个体进行分析,通过90条引物的筛选,获得10条ISSR引物,扩增出92个位点,多态位点比率为67.4%。5个种群的遗传距离在0.0863-0.1454之间。本研究以铜藻作为外群,通过2种遗传标记分析,证明铜藻与5种羊栖菜种群的遗传距离均远远大于其种群之间的遗传距离;另外,“鹿丰1号”不同年份的种群之间的遗传距离均为其中的最小值,相关结果对羊栖菜遗传选育和种质鉴定等有参考价值。