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本研究分别利用40对SSR荧光标记引物和1041个SNP位点，构建了72份国内常用玉米自交系的指纹数据库，并且进行遗传多样性和类群划分。结果如下：1、40对SSR引物在72份玉米自交系上共有256个等位基因，平均值约为6.4个，变化范围是2-13个；共有339个基因型，平均值为8.5；多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.099～0.850，平均值为0.630；最小等位基因频率（MAF）的变化范围是0.007～0.208，平均值为0.031；基因多样性的变化范围为0.105-0.864,平均值为0.673；遗传距离的变化范围是0.0250～0.9366。2、1041个SNP位点在72份玉米自交系上的等位基因为2082个，基因型个数为2606，平均值为2.6；多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.141～0.375，平均值为0.345；最小等位基因频率（MAF）的变化范围是0.122～0.500，平均值为0.360；基因多样性的变化范围是0.152～0.5，平均值是0.445；遗传距离的变化范围是0.0092～0.7041。3、两种分子标记方法都将72份自交系划分为7个杂种优势群，分别是瑞德群，改良瑞德群，兰卡斯特群，旅大红骨群，塘四平头群，P群和糯质群。两种方法的划群结果均与系谱来源基本一致。4、糯玉米自交系成为一个独立的杂种优势群—糯质群，糯质群与另外6个杂种优势群有较远的遗传距，在分子水平上糯玉米与普通玉米存在较大的差异。5、我国组配玉米杂交种的杂种优势模式主要为改良瑞德群×塘四平头群，P群×塘四平头群、P群×旅大红骨群、塘四平头群×兰卡斯特群，这些都是国内群×国外群的杂种优势模式。