由尖孢镰孢菌古巴专化型(Fusarium oxysporum f. sp. cubense)引起的香蕉枯萎病是世界性的毁灭病害,病原菌包括1号、2号、3号和4号共4个小种。目前,我国香蕉主产区已报道的有1号小种和4号小种,1号小种在国内早已有之,而4号小种自1967年在台湾省发现、1996年传入到广东省后,便迅速地传入到我国其他香蕉主产区,对香蕉产业带来极大的危害。目前,国内几位学者分别对福建省、海南省、广东省和广西壮族自治区的香蕉枯萎病病原菌进行鉴定,尚未见文献报道全面地对我国香蕉主产区内大规模的菌株收集及其致病力分化的研究。国内外尚未见文献报道采用ISSR分子标记技术研究香蕉枯萎病病原菌的遗传变异性。本文在我国香蕉主产区大规模地收集香蕉枯萎病病原菌,通过盆栽伤根淋灌法鉴别病原菌小种及致病力分化,采用ISSR分子标记技术研究病原菌的遗传变异,取得以下几个方面的结果：1、病原菌收集及其小种鉴别2001年12月至2010年1月,先后在我国香蕉主产区福建、广东、广西、海南和云南等5省区44市县收集具有代表性菌株114个,通过盆栽伤根淋灌法分别接种巴西蕉苗、粉蕉苗鉴别其小种。114个菌株中57个为1号小种,寄主均为粉蕉；57个为4号小种,其中43个菌株的寄主为巴西蕉、13个菌株的寄主为粉蕉、1个菌株的寄主为矮杆贡蕉。2、病原菌致病力分化研究将病原菌1号小种和4号小种采用盆栽伤根淋灌法分别接种粉蕉苗和巴西蕉苗,依据致病力强弱研究114个菌株的致病力分化。1号小种具有强致病力的菌株有32个、中致病力的菌株有23个、弱致病力的菌株仅有2个,5省区的菌株均以强致病力菌株为主,弱致病力菌株相对较少；4号小种具有强致病力的菌株有29个、中致病力的菌株有9个、弱致病力的菌株有19个。福建、广东、广西和海南的菌株以强致病力菌株为主,云南省2个供试的菌株为弱致病力菌株。3、ISSR-PCR引物筛选及反应体系的优化33条ISSR引物中筛选得到用于病原菌遗传变异研究的ISSR引物8条,分别是UBC801、UBC811、UBC825、UBC826、UBC827、UBC835、UBC856和UBC889。使用均匀优化设计对25μL的ISSR-PCR反应体系的5个因素(Taq DNA聚合酶、模板DNA、dNTPs、ISSR引物和Mg2+)、5个浓度水平进行优化,获得1个最佳的浓度组合,5因素浓度分别为0.03 U/μL、0.01 ng/μL、0.8 mM、0.4 mM、2mM。4、病原菌分子变异分析采用ISSR分子标记分析了95个香蕉枯萎病病原菌和1个西瓜枯萎病病原菌的遗传变异,菌株间的Nei遗传距离(D)为0.57-1.00,96个供试菌株以遗传距离为0.68阀值可以分为A、B、C、D、E、和F共6个类群,所占的比例分别为51.06%、5.20%、2.08%、39.58%、1.04%、1.04%。A类群所包含的48个香蕉枯萎病病原菌菌株和1个西瓜枯萎病病原菌菌株又可以分为2个亚类群(AⅠ和AⅡ),寄主以粉蕉为主、小种以1号小种为主;B类群包含了5个菌株,其寄主均为粉蕉、小种属性为4号小种；C类群包含了2个菌株,1个是寄生于粉蕉的1号小种(FOC163-F-1-M)、另1个是寄生于巴西蕉的4号小种(FOC150-B-4-W); D类群所包含的38个菌株又可以分为2个亚类群(DⅠ和DⅡ),寄主以巴西蕉为主、小种以4号小种为主；E类群仅包含1个菌株(FOC246-B-4-M),寄主为巴西蕉的中致病力的4号小种,分离自海南省临高县波莲镇；F类群仅包含1个菌株(FOC165-B-4-W),寄主为巴西蕉的弱致病力的4号小种,分离自广东省汕头市澄海区。病原菌菌株间的遗传变异很大,差别很明显,ISSR聚类组与病原菌的寄主和小种有很明显的相关性,与致病力和地理来源有一定的相关性,但并不十分明显。病原菌与寄主之间有很明显的协同进化关系。个别独立成为单一ISSR类群的菌株则可能是新变异菌株或新近传入的菌株,也有可能是单一突变菌株。