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牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)是中国特产传统名花，具有2000多年的栽培历史，品种类型丰富。目前，栽培与生理等方面报道较多，遗传多样性方面，虽有报道，但不够系统、深入；品种资源保存方面，多是采取不加选择地全部实地保存，既浪费土地，又给深入研究和高效利用带来不便。核心种质的构建与应用研究是解决上述问题最有效的方法之一。本研究以中原牡丹品种为研究对象，采用表型与分子标记相结合的方法，对400个品种进行了遗传多样性分析和核心种质构建研究。主要结果如下：1．根据品种来源、分类体系等基本数据和形态、分子标记特征数据，建立了中原牡丹400个品种的表型数据库和120个品种的分子数据库。2．按整体和分组不同方式进行表型性状遗传多样性分析，发现：牡丹品种整体遗传多样性丰富，Shannon多样性指数达到了0.9966。不同组间及各性状的遗传多样性丰富度不一。根据分析结果提出了进一步丰富中原牡丹品种遗传多样性的建议。3．首次研究了中原牡丹品种资源核心种质构建的方案与策略，选择按花型分组，组内以平方根法确定取样量，并用类平均法(UPGMA)聚类抽样，构建了由120份(占总体种质的30％)材料组成的初级核心种质；表型水平上初级核心种质覆盖了原始总体种质的品种类型和性状，Shannon遗传多样性指数对总体种质的代表性达到了99.12％，各性状的Shannon遗传多样性指数与总体差异不显著。5．对初级核心种质120个品种进行了ISSR和AFLP标记，8条ISSR引物共扩增出244条带，多态性带93.3％，平均PIC值为0.44，8对AFLP引物共扩增出1162条带，多态性带占97.6％，平均PIC值0.67，从分子水平上进一步证明了初级核心种质具有丰富的遗传多样性。6．分别使用随机、表型数据、AFLP、ISSR、AFLP+ISSR、表型数据+AFLP、表型数据+ISSR、表型数据+AFLP+ISSR共8种压缩方式对初级核心种质进行抽样压缩，构建了8个各自含有60个品种的核心种质候选群体。表型和分子水平检验结果表明：采用“表型数据+AFLP+ISSR”压缩法构建的核心种质既能很好地代表初级核心种质，又能很好地代表总体种质，各检验指数及品种间平均遗传距离均高于原始总体种质，保留了总体种质的15％，对原始总体的表型保留比例在99％以上。