生态环境损害赔偿制度的出现,给“企业污染、政府买单”的环境治理现状开辟了新出路,并使“损害担责”的生态环境保护原则得到落实,对我国生态环境保护具有重要作用。但生态环境损害赔偿制度在赔偿权利人索赔的请求权基础、损害认定的归责原则、政府的损害索赔权与行政执法之间的关系、与环境民事公益诉讼之间的关系仍然存在一些尚未明确的问题,本文基于此展开研究。研究生态环境损害赔偿制度存在问题的前提,需要明晰生态环境损害与其他相关概念之区别,基于对生态环境损害赔偿制度现行立法与实践现状的了解开展。借助日本公害救济制度、美国自然资源损害赔偿制度和欧盟《预防和补救环境损害的环境责任指令》的环境损害救济经验,启发我国生态环境损害赔偿制度存在问题的解决。在生态环境损害赔偿制度存在问题提出完善建议部分。首先,赔偿权利人的请求权基础应当源于“国家的保护环境义务和自然资源国家所有”。现阶段生态环境损害政府救济不能仅限于公法,完整填补国家损失要求生态环境损害的救济公私法相结合,同时该请求权基础符合也制度设立的初衷;第二,生态环境损害赔偿责任认定适用过错责任归责。无过错责任归责原则不再适用在生态环境损害赔偿制度中,赔偿权利人与无过错责任法理基础不相容,法律再没有向赔偿权利人倾斜的理由,而且过错原则过错要件困难证明不再困难,比起无过错原则,过错原则更符合生态环境损害赔偿制度发展需求;第三,索赔权与行政权之间政府应该穷尽行政手段,在需要索赔时做好衔接工作。生态环境损害赔偿制度赋予政府赔偿权利人身份,无疑增加了政府等其行政机关的权利,在同一生态环境损害案件中,政府及其行政机关需要平衡和协调好同时拥有的行政权力与民事索赔权利,为保证行政与司法资源的高效利用。最后,应当认定生态环境损害赔偿与环境民事公益诉讼在环境保护上处于平行地位。两制度功能上有相同之处,但生态环境损害赔偿与环境民事公益诉讼不同的是它还具填补国家损失的作用,两者在各自岗位上发挥着重要作用。生态环境损害赔偿制度的出现,打破了我国以往“成熟一条制定一条”的立法习惯,因此需要在不断的实践中探索中寻求最优的应对生态环境损害的方法,使生态环境损害赔偿制度更好的发展。