生物序列的表示和比较是生物信息处理的两个基本问题,也是近年来生物信息学研究的重点。RNA是重要的生命物质,随着最近非典、禽流感等病毒的出现,作为其主要遗传物质的RNA也逐渐成为研究的重点之一。本文以RNA二级结构的分析比较为背景,提出了新的RNA二级结构图形表示方法,为生物序列的分类、分析、比较和储存等研究提供了新的途径。另外,还展示这些表示法在RNA二级结构相似性分析上的具体应用。通过对现有的RNA图形表示法的研究分析,在廖波提出的三维表示法的基础上,扩充了碱基的分类,增加了假结内外自由基的划分,提出了一种新的RNA二级结构三维图形表示法-S曲线组表示法。采用矩阵不变量的方法,将S曲线组表示法应用在6种典型的RNA分子片断的相似性分析上,可以有效的计算出它们之间的相似度。S曲线组表示法包含更丰富的生物学信息,对RNA分子的相似性比较和分析更加准确。小波分析是近些年来迅速发展的信号处理方法,本文提出了一种可以将RNA二级结构表示成为波形信号的8水平线表示法,从而将小波方法运用到RNA结构的相似性分析中,利用其分解波形能表征信号特征的能力,成功的对8种RNA分子片断做出了相似性分析。突破了传统的矩阵不变量方法,提出了一种相似性分析的新思路。