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杨树（Populus）是世界范围内最为广泛栽培的树种之一，因其基因组比较小并且在经济上具有重要性，已被作为多年生木本植物基因组研究的模式物种，国际上对毛果杨（P.trichocarpa Hook）进行了全基因组测序。虽然杨树遗传连锁图谱构建的研究已有不少报道，但是由于其图谱上分子标记数目相对来说还比较少，因而也限制了杨树QTL定位和分子辅助育种等后续研究。限制性位点关联DNA测序（RAD-seq）技术是一种新的功能强大的测序方法，能快速经济地获得作图群体中成千上万个SNP标记，可以构建高密度高精度的杨树遗传连锁图谱。本研究以美洲黑杨‘I-69’(♀)和小叶杨(♂)杂交F1代作图群体中的两个亲本和150个子代为实验材料。选用EcoRI限制性内切酶对包括亲本在内的152个个体基因组进行酶切，构建了RAD文库并进行了RAD-seq测序，每个亲本测序深度为2.6x，子代个体测序深度为0.86x，共获得了约65Gbp数据。通过将亲本的短序列比对到杨树参考基因组序列上，在母本中发现了298,863个SNP位点，父本中发现了269,508个SNP位点，两亲本共同SNP位点有59,216个，这样在两亲本基因组中共发现了509,155个SNP位点。然后将每个子代RAD测序序列比对到这些父母本SNP位点，并进行SNP基因型分型，经过滤在群体中共获得2,476个高质量并符合孟德尔分离比的SNP标记位点。利用这些SNP标记分别构建了美洲黑杨和小叶杨的高密度遗传连锁图谱，其中母本遗传连锁图谱包含1,457个SNP标记，划分成了25个连锁群，总图距5481.84cM，平均图距为4.00cM；父本遗传连锁图谱包含942个SNP标记，划分成了25个连锁群，总图距4670.07cM，平均图距为5.67cM。结果表明，RAD-seq策略可以作为一个快速有效的工具来开发大规模的分子标记，用于构建杨树等林木高密度遗传连锁图谱。这将为进一步开展QTL精确定位，比较基因组学和分子辅助育种研究提供了可靠的遗传资源。