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前期研究表明，皖南凹耳臭蛙(Odorrana tormota)呈现出以青弋江、新安江和水阳江为纽带间断分布的特点。本研究利用多态性微卫星位点作为分子标记，探讨以下几个科学问题：现存种群的微卫星遗传变异及其分布特点？种群间的基因流水平和扩散模式？种群遗传格局及其形成原因？针对上述问题，本研究利用7个多态性微卫星位点对皖南凹耳臭蛙6个种群145个样品的遗传变异及其空间分布模式进行分析。获得以下主要结果： 1.7个微卫星位点从145个样品中共检测到156个等位基因，各位点等位基因数8~34个，平均为22.286。各种群有效等位基因数为6.389～9.327，平均有效等位基因7.622，平均等位基因丰富度为11.186，桃岭种群有效等位基因数最高，而漳河种群最低。 2.种群总的观测杂合度和期望杂合度分别为0.687和0.804，各子种群的观测杂合度变化范围为0.613～0.727，香溪种群的观测杂合度最高，西坑种群最低；期望杂合度变化范围为0.774～0.818，程坑种群的期望杂合度最高，浮溪种群最低。7个微卫星位点的联合检验结果显示，6个种群均显著地偏离哈温平衡，均表现为杂合度缺失。所有种群的近亲系数均大于0.05，平均近交系数为0.108。 综合有效等位基因数、等位基因丰富度和其为杂合度等遗传参数，与其它无尾两栖动物相比，凹耳臭蛙种群微卫星遗传变异处于较高水平。 3. AMOVE分析结果显示，凹耳臭蛙种群98.19％的变异分布于种群内，只有1.81％存在于种群间，种群间已经产生了显著的遗传分化（Fst=0.01808，p<0.001）。两两种群间的比较分析显示，新安江水系的漳河种群和水阳江水系的程坑种群与其它种群间均发生了极显著的遗传分化（p<0.01），此外，新安江水系的浮溪种群与青弋江水系的桃岭和西坑种群之间也存在显著的遗传分化(p<0.05），但与同属青弋江水系的香溪种群之间还存在丰富的基因流（Nm=190.59）。Mantel test分析结果显示凹耳臭蛙种群间遗传分化与地理距离间没有正相关性（r=0.1325，p=0.297。综合分析发现，皖南凹耳臭蛙种群的遗传分化呈现两个特点：不同水系间直线距离相距较远的种群分化更为明显；直线距离相距较近的种群之间通常存在较强的基因流。揭示该物种短距离扩散可通过陆地进行，而长距离扩散主要依靠水系的连通性。 4.比较分析种群间基于核微卫星的遗传分化系数与基于母系遗传的线粒体cyt b基因的遗传分化系数，结果显示，两两种群间的核微卫星遗传分化系数均小于相应的线粒体遗传标记所揭示的遗传分化系数。推测凹耳臭蛙种群间的基因流具有性偏向，可能主要通过雄性进行扩散。