宅基地制度是我国特有的一项土地制度，它是建国以后为解决广大农民的居住问题而产生的，我国的宅基地制度发生过几次重大的变迁，每一次变迁都有其特殊的历史背景。近年来，在一些地区，特别是城乡结合部的农村地区宅基地使用权私下交易问题比较严重，宅基地流转事件不断发生并且有愈演愈烈之势，并逐步突破法律和规范性文件的限制。我国关于宅基地使用权的立法比较分散且比较简单，而且限制宅基地使用权的流转，随着我国社会主义市场经济的不断发展，我国现阶段宅基地使用权制度已经滞后于社会的发展。宅基地使用权流转现象越来越突出，但是缺乏相应的法律规制，应当引起人们的关注，我们不能无视这些事件的存在，应当认真地分析和研究他们发生的原因及存在问题，为完善相关制度提供实践依据。本文主要通过理论联系实际、历史分析、比较分析的研究方法。在界定宅基地使用权流转的概念、梳理宅基地使用权流转制度的历史沿革和现行法律规定、分析限制宅基地使用权流转的立法价值的基础之上，总结了宅基地自发流转的主要状况，并对流转存在的问题以及这些问题的原因进行了深入的分析。同时本文着重对宅基地使用权流转的理论基础进行研究，分析了制度变迁理论和资源配置理论，提出了宅基地使用权制度改革应坚持“效率优先，兼顾公平”的价值取向。通过上面的分析和研究，本文提出宅基地使用权流转制度完善应坚持“有条件允许，分阶段放开，健全流转法律规范，统筹国家、集体和农民的权益”的思路和“坚持自愿，设定条件，有偿流转”的原则，并提出宅基地使用权流转制度的完善有待宅基地差别化有偿使用制度、统一的宅基地及房屋登记制度的建立和农村集体经济组织的完善；同时从开展宅基地使用权流转试点、设定宅基地使用权流转的条件和程序、明确宅基地使用权流转的方式、建立统一的农村房屋与宅基地流转市场和流转收益分配机制几个方面对宅基地使用权流转制度的完善进行详细的论述。