科学技术创新在经济发展与竞争中的地位和作用愈显重要，而提高“科技三项费”的使用效益则成为促进科学技术创新和经济发展的关键。近年来，全国许多地区不断研究和探索“科技三项费”管理和使用的新方法。在具体实践中，改变了以前无偿拨款的形式，增加了科技贷款、贷款贴息、投资入股等有偿使用方式，为科技创新能力大幅度提高以及科技成果的转化进行了有益的探索。在操作层面，还存在多头管理、监督不力、效率原则与公平原则相冲突等问题。 本文以Q市科技三项经费管理为案例，仔细分析了Q市科技局直管科技经费和Q市科技投资公司市场化管理经费的两种模式，剖析了存在的问题，并提出了相应的政策与建议。 本文通过调查、分析和研究，得出以下结论： 1、地方科技计划承担辖区内配置科技资源的功能，支持本地的科技发展战略。通过一系列的具体科技项目，使本地科技资源按一定目标和方向进行配置，从而提升本地科技创新能力。 2、Q市科技局项目管理效率低下，存在项目申报不公开、决策不科学、监管不到位的问题，政府效能亟待提高。 3、Q市科技投资公司承担发展高新技术产业、扶持中小企业的创业职能，投资的科技孵化器取得了较好的经济和社会效益。 4、Q市科技投资公司市场定位不明确，政企不分，约束机制不足与激励机制不足同时存在。 5、科技投资项目政府参与过多，项目绩效评价体系不足，项目投资、资产管理管理效率低下。 政策建议为： 1、抓紧制定项目经费管理办法，提高管理效率，完善管理手段。 2、积极培育科技中介机构，加强外部监管机制。 3、建立科学决策机制，引入专家咨询立项制。 4、Q市科技局逐步实现由“直接资金投入”向“间接政策引导”转变，充分发挥政府宏观调控作用，为企业科技创新创造良好环境。 5、明确科技投资公司的定位及战略发展方向，建立健全法人治理结构、权责对等结构。 6、以人为本，改革投资公司的薪酬制度，发挥员工的积极性。 7、Q市投资公司逐步减少对具体高新技术产业化项目的参与，增加创新服务平台建设，建设好科技孵化器，充分发挥资金的放大效应。