安徽地区猪种胴体与肉质性状候选基因研究

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本研究以安徽优良地方猪种(安庆六白猪、霍寿黑猪、皖南黑猪和圩猪)为试验材料,研究与动物机体脂类代谢调控相关候选基因脂滴包被蛋白(PLIN1)基因、视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因的单链核苷酸多态性(single nucleotide polymerphisms,SNPs)及其与胴体性状和肉质性状的相关性。根据NCBI中公布的猪PLIN1(登录号:NC_010449)和RBP4基因(登录号:NC_010456)基因全序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测PLIN1、RBP4基因部分区段的遗传变异,筛查SNPs位点分析其多态性,并运用SPSS程序中的GLM模型分析所检测到的遗传变异与地方猪部分胴体、肉质性状指标的关联性。旨在寻找与地方猪胴体、肉质性状相关的有效遗传标记,为安徽省地方猪种质资源特性及MAS研究提供分子生物学参考。经研究发现:  (1)PLIN1基因的第3、4、5、6、7外显子及第4内含子等引物扩增区域在四个群体中均没有检测到突变;RBP4基因的第3、4、5、6外显子及第3内含子等引物扩增区域在四个群体中均没有检测到突变。  (2)PLIN1基因第2外显子3519bp处存在A→G的错义突变,使编码的氨基酸由组氨酸变成精氨酸。在安庆六白猪和皖南黑猪群体中均检测到三种基因型(AA、AB和BB),其中AA基因型频率在这两个群体中分别为29.09%、8.47%,AB基因型频率分别为57.27%、43.22%,BB基因型频率分别为13.64%、48.31%,安庆六白猪、皖南黑猪的多态信息含量(PIC)分别为0.3690、0.3322,在该位点均处于中度多态,而在霍寿黑猪和圩猪群体中没有检测到突变位点,均为野生型。RBP4基因第3内含子604处存在A→G的突变,在安庆六白猪、皖南黑猪和圩猪中均检测到3种基因型(CC、CD和DD),其中CC基因型频率在这三个群体中分别为53.64%、66.10%、57.28%,CD基因型频率分别为37.27%、28.81%、31.07%,DD基因型频率分别为9.09%、5.09%、11.65%,安庆六白猪、皖南黑猪和圩猪的多态信息含量(PIC)分别为0.3205、0.2646、0.3175,在该位点均处于中度多态,而在霍寿黑猪群体中没有检测到突变位点,均为野生型。  (3)χ2检验表明:安庆六白猪和皖南黑猪检测群体在PLIN1基因位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);安庆六白猪、皖南黑猪和圩猪检测群体在RBP4基因基因位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。  (4)PLIN1基因多态位点与胴体和肉质性状的相关分析:在安庆六白猪群体中,AA、AB基因型个体平均背膘厚极显著高于BB基因型个体(P<0.01);AA、AB基因型个体胴体瘦肉率显著高于BB基因型个体(P<0.05);BB基因型个体肌肉水分显著高于AB基因型个体(P<0.05);AB基因型个体肌内脂肪含量显著高于BB基因型个体(P<0.05)。在皖南黑猪群体中,AA型平均背膘厚极显著高于AB型和BB型(P<0.01);AA型眼肌面积显著高于BB型(P<0.05);BB型肌内脂肪含量极显著高于AA型(P<0.01),显著高于AB型(P<0.05);AA型嫩度极显著高于AB型和BB型(P<0.01)。  (5)RBP4基因多态位点与胴体和肉质性状的相关分析:在安庆六白猪群体中,CC型平均背膘厚显著高于DD型(P<0.05);CC型和CD型眼肌面积显著高于DD型(P<0.05);CC型肉色a*值显著高于DD型(P<0.05);CD型肌内脂肪含量显著高于DD型(P<0.05)。在皖南黑猪群体中,CC型平均背膘厚显著高于DD型(P<0.05);CD型肉色b*值显著高于DD型(P<0.05)。在圩猪群体中,CD型肉色a*值显著高于CD型(P<0.05)。  研究结果提示PLIN1基因能够作为安庆六白猪、皖南黑猪部分胴体、肉质性状分子标记辅助选择的候选基因;RBP4基因能够作为安庆六白猪、皖南黑猪和圩猪部分胴体、肉质性状分子标记辅助选择的候选基因。
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