我国证券市场自全流通以来,证券市场发展迅速,在发展规模上取得显著成就。但是,证券市场却经常发生中小股东权益受到损害的现象,导致广大中小股东对证券市场的信心不足。因此,对大股东控制下的中小股东权益的保护进行研究有重要的现实意义。本文首先界定了本文所研究的几组概念,在此基础上,在委托代理理论的指导下,分析了大股东与中小股东之间的代理关系。然后运用案例分析法,分析了大股东侵害中小股东权益的原因以及方式,发现上市公司投票权与现金流量权分离是大股东侵害中小股东的主要原因,同时从博弈论的角度分析了大股东对中小股东侵害的原因。接下来,建立数学模型,运用回归分析对大股东侵害中小股东权益进行了定量研究,我们发现在上市公司股权集中的情况下,随着大股东持股比例的增加,大股东会越有动机侵害中小股东的权益;随着上市公司企业规模的扩大,信息披露会增加,这样大股东会较少的侵害中小股东的权益。而上市公司债务的增加不能阻止大股东侵害,财务状况和流通股与大股东侵害之间没有显著的统计关系。最后,本文在限制大股东侵害中小股东权益模型的基础上,从完善公司内部治理机制、外部治理机制以及完善制度建设方面提出了保护中小股东权益的对策。