高校内部会计控制系统是高校为了确保教育事业活动有序进行，保护资产的安全和完整，提高会计信息的真实性和准确性，提高资金使用效率，以及保证国家法律法规和规章制度的贯彻执行，为实现其既定的长远目标，由全体教职员工共同实施的，针对高校价值运动而建立的具有自我调节功能的开放性监控体系。它是以控制论、信息论、系统论和受托经济责任为理论基础建立的，是高校为了保证资产安全完整的有效管理工具。高校内部会计控制的建设关键问题是如何建立一套科学、严密、可操作性强、行之有效的内部会计控制系统。通过对高校内部会计控制现状进行分析可以看出，高校由于内部会计控制意识淡薄，缺乏对内部会计控制应有的重视，致使现有的高校内部会计控制系统流于形式，发挥不了作用。为此，本文针对当前高校内部会计控制系统存在的问题进行较深入的研究，旨在建立一套符合高校特点的内部会计控制系统理论框架和运行模式，保证高校会计工作的质量，促进高校教育事业的发展。 本文通过借鉴国内外内部控制理论的研究成果和实践经验，并对控制论、信息论、系统论和受托经济责任在内部会计控制中的运用进行了系统剖析，为高校内部会计控制系统的构建奠定了理论基础。接着，对高校内部会计控制的现状进行了深入分析，找出其存在的问题，明确了加强和完善高校内部会计控制系统的必要性。然后，从高校经济活动的特点出发，对高校内部会计控制系统进行定义，并确定了高校内部会计控制系统的目标和功能。在此基础上，构建了高校内部会计控制系统框架。按照高校内部会计控制系统框架，对目前高校的对外投资、工程项目和实物资产内部会计控制比较薄弱的环节进行具体的实务设计。最后，指出了高校内部会计控制系统应注意的问题。