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翘嘴红鲌(Erythrocul terilishaeformis),隶属于鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae),在我国淡水养殖鱼类中占据重要地位。本文利用比较基因组学、EST数据库和RACE等技术筛查、分析和克隆与翘嘴红鲌生长、饲料转化率相关基因,并阐明其表达特征。同时获得其SNP位点,确定与性状的连锁关系,为进行翘嘴红鲌分子育种提供基础。(1)为研究翘嘴红鲌肌肉生长抑制基因(myostatin,MSTN-1)基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性,本研究扩增出全长为3968 bp的翘嘴红鲌MSTN-1基因,包括3个外显子(分别为411、402和393 bp,共组成1206 bp的开放阅读框)和2个内含子(长度分别为690和887 bp),上游非翻译区(5’UTR)145 bp和下游非翻译区(3’UTR)1040 bp。用太湖流域选育翘嘴红鲌群体对MSTN-1基因多态性进行筛选和验证。共发现2个多态性位点(Locus 1:A796G,普通AA/突变型AG;Locus 2:C1060T,普通型CC/突变型CT)。利用一般线性模型分析2个位点及其组合型(剔除个体数少于3的组合)与生长性状和肌肉成分的相关性,发现1个位点对幼鱼生长性状表型差异有显著相关,但2个位点对肌肉成分差异均无显著相关。多重比较发现,单倍型CT突变组的体长和体质量显著高于CC普通组,多倍型中存在CT突变组合的体长、体质量均显著高于其他组。表明翘嘴红鲌MSTN-1基因2个SNPs中,CT突变是对翘嘴红鲌生长性状的有利突变,AG突变无显著相关,可将MSTN-1基因作为分子标记辅助翘嘴红鲌选育的候选基因。(2)为研究翘嘴红鲌细胞色素P450基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性,本研究扩增出长为4274 bp的翘嘴红鲌细胞色素P450基因,包括5个外显子(分别为201、354、186、177和363 bp,共组成1281bp的开放阅读框)和4个内含子(长度分别为228、123、48和1192 bp)。用太湖流域选育翘嘴红鲌群体对P450基因多态性进行筛选和验证。在第四内含子中发现2个多态性位点(Locus 1:T3650C,普通CC/突变型CT;Locus2:A3663G,普通型GG/突变型AG)。利用一般线性模型分析2个位点及其组合型(剔除个体数少于3的组合)与生长性状和肌肉成分的相关性,发现C3650T位点对幼鱼生长性状表型差异有显著相关,但2个位点对肌肉成分差异均无显著相关。多重比较发现,单倍型CT突变组的体长和体质量显著高于CC野生组,多倍型中存在CT突变组合的体长、体质量均显著高于其他组。表明翘嘴红鲌P450基因2个SNPs中,突变CT是对翘嘴红鲌生长性状的有利突变,AG突变无显著相关,可将P450基因作为分子标记辅助翘嘴红鲌选育的候选基因。(3)为研究生长发育及抗病性的基因,以翘嘴红鲌为对象,利用RACE技术首次克隆翘嘴红鲌果糖-1,6-二磷酸醛缩酶(ALDO-C)基因,该基因cDNA全长1945 bp,其中ORF区975 bp,编码325个氨基酸,5’非编码区933 bp,3’非编码区37bp。通过实时荧光定量PCR检测了ALDO-C在不同组织中相对表达水平。发现ALDO-C基因在翘嘴红鲌的肾、肝、肌肉、性腺中均有表达,且在肾中表达量最高,显著高于其他组织。同时采用石蜡切片、HE染色和原位杂交染色,观察分析翘嘴红鲌的肾组织显微结构和ALDO-C基因的表达定位,结果表明,ALDO-C在鱼类肾单位和集合管结构、调节肾组织水平衡及抗病性方面有重要作用。可以将翘嘴红鲌醛缩酶C基因作为生长发育及抗病性相关的候选基因。(4)为研究饲料转化率相关的基因,利用RACE技术首次克隆翘嘴红鲌高密度脂蛋白结合蛋白(high density lipoprotein binding protein,HBP)基因,HBP基因cDNA全长4940 bp,其中ORF区3681 bp,编码1227个氨基酸,5’非编码区1005 bp,3’非编码区254 bp。并且通过实时荧光定量PCR检测了HBP在不同组织中相对表达水平。其中HBP基因在肾、脑、肌肉、性腺中均有表达,且在脑中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。我们禁食翘嘴红鲌21天,通过荧光定量分析其脑中HBP表达量。结果表明,前14天HBP表达量没有显著增加(P>0.05),但在随后的7天饥饿中显著增加(P<0.05)。这证明翘嘴红鲌HBP表达可能在鱼类营养限制期间的生长中发挥内分泌作用。该结果为进一步研究翘嘴红鲌HBP的表达、功能及其转录调控奠定了分子基础。