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紫菜是重要的经济海藻，其生活史包括单倍的叶状体世代和双倍的丝状体世代。与高等植物不同的是，其孢子体世代为微观阶段，配子体世代为宏观阶段。紫菜的减数分裂发生在壳孢子萌发时期，分裂产生的四个细胞不分开，共同发育为一株紫菜，也就是说紫菜的叶状体是嵌合体。在使用嵌合的叶状体进行遗传分析时可能得到不准确的结果。另外，紫菜的叶状体固着生长于潮间带的石块上，随着潮水的涨落经历脱水和复水过程；而紫菜的丝状体钻入贝壳等碳酸钙基质中生长，不能脱离海水生存。这两个世代生活环境的差异可能导致其光合特性的不同。为此本文进行了如下研究：1)以条斑紫菜为材料，利用AFLP标记对单个丝状藻丝接种贝壳释放出的売孢子发育来的叶状体和由随机选择的売孢子苗释放出的单孢子苗分别进行遗传分析。15对引物组合在40个壳孢子苗中扩增得到538个位点，其中多态性位点为434个，多态性比率为80.7%。对40个个体进行遗传相似性分析发现其遗传相似性系数最大为0.93，最小为0.47，平均为0.71。19对引物组合在88个单孢子苗中扩增得到708个位点，其中多态性位点为698个，多态性比率为98.6%。对88个个体进行遗传相似性分析发现其遗传相似性系数最大为0.78，最小为0.43，平均为0.61。聚类分析发现売孢子苗和单孢子苗个体均可分为明显的两大类。结果表明，单孢子苗中检测到的多态性比率高于壳孢子苗，单孢子苗个体间的相似性低于壳孢子苗个体间的相似性，因此使用单孢子苗进行遗传分析获得的结果比使用壳孢子苗更准确。2)以坛紫菜丝状体（丝状藻丝）和叶状体为材料，以18S和GAPDH为内参基因，使用荧光定量PCR技术对PEPCK、PEPC在不同世代的差异进行分析；利用酶偶联法分别测定了叶状体和丝状体中PEPC、PEPCK羧化和脱羧的活性；利用PEPCK、PEPC的保守区序列，使用PMAL表达系统对其进行原核表达，并对蛋白表达温度及所需IPTG浓度进行优化，纯化并浓缩得到的蛋白，制备相应蛋白的抗体，利用得到的抗体分析叶状体和丝状体中PEPCK、PEPC含量的差异。结果表明，丝状体中的PEPCK、PEPC的mRNA含量、酶活以及蛋白含量圴高于叶状体。因此推测在坛紫菜丝状体和叶状体中可能存在不同的碳固定方式，坛紫菜丝状体中可能存在类C4途径。