籼粳杂交利用一直是水稻育种家研究的重要课题。为能有效的减短籼粳亚种间杂交水稻新组合的选育进程,本试验探索了籼粳亚种间杂种优势与亲本间程氏指数差值及亲本间InDel标记距离与杂种优势的关系,分析强优势组合的亲本间最佳程氏指数差值和InDel标记距离,结果表明:1、本试验通过利用6个广亲和的恢复系材料与11个不育系配组,得到了明显超父优势的杂交组合,而且能筛选出综合性状优良的组合,说明利用这批不育系和恢复系材料配制出强优组合是完全可能的。2、通过分析亲本间的籼粳差异与杂种优势的关系,发现父母本的程氏指数差值对杂种后代的各项产量性状没有显著的影响。但在3~4的区间里,父母本的籼粳性差异越大杂种后代的每穗实粒数会增多、千粒重会增加、产量也会提升。在5~7的区间里父母本的程氏指数差异越大,每穗总粒数会增加,单位面积有效穗也会增加,同时还能降低株高。3、通过Indel分子标记法计算的亲本遗传距离,在0.171~0.182的区间里时,与穗长、单位面积有效穗、每穗总粒数、每穗实粒数、结实率、实际单株产量都呈正相关,0.182是最理想的父母本遗传距离。在0.12~0.154的区间里,降低父母的遗传距离能有效降低后代植株的株高,有利于育出理想株型。