近年来，随着信息技术和电子商务的快速发展，许多商业银行推出了网上银行服务（简称网银），并将网银与证券公司、基金公司、非金融支付服务组织等机构的网络平台互联。为提高跨行支付的清算效率，提升商业银行网银服务水平，更好地履行商业银行支付清算职责，现阶段需着手建立更完善的网络银行跨行支付系统，实现网上支付等电子支付业务跨行清算的高效处理。商业银行作为人民银行第二代支付系统跨行支付清算系统参加行，将要完成跨行支付业务报文及相关信息业务报文的发送、接收等业务处理。为配合跨行支付系统的建设和开发，本文研究的主要内容为：跨行支付系统的运行架构及使用的相关的技术、跨行支付系统中基础数据文件的设计、跨行支付系统交换报文子系统中跨行贷记报文、跨行借记报文、跨行第三方贷记报文等主要交换报文的设计与实现，并且成功测试已经实现的交换报文子系统。建成后的跨行支付清算系统不仅促进各家商业银行网银系统的互联互通，实现跨行支付的直通式处理，以满足客户全天候的支付需求，并且可以使客户实时了解跨行间账户信息的情况、支付业务的资金到账情况，有效支持电子商务的飞速发展。支持符合条件的非银行支付服务组织接入，为其业务发展和创新提供安全高效的公共清算平台。