目的：对4条不同的DNA条形码(matK、trnL-trnF、rpoC1、IT S)和组合进行筛选,寻找能够快速、有效、可靠地鉴别重楼与其常见近缘种及市售商品重楼的DNA条形码或组合。力图发现重楼这一珍稀药用植物的替代资源,为补充和完善重楼属DNA条形码方面的研究提供方法的参考。 方法：使用matK、trnL-trnF、rpoC1和核ITS的通用引物对采集的32个样品材料进行PCR扩增和测序,比较各序列扩增和测序效率、种内和种间变异,进行 barcoding gap 分析,以此评价各序列对采自云南、四川的重楼药材和购自市场的商品重楼的鉴别能力。 结果： 1.ITS、matK、rpoC1、trnL-trnF序列作为鉴定重楼与常见混伪品及其商品药材的DNA条形码候选序列,其扩增效率都能达到100%,ITS测序成功率达到了100%,trnL-trnF、matK序列的测序成功率分别为9 6%、82%,rpoC1序列的测序成功率能达到70%。 2.ITS序列提供了最大种间变异且Wilcoxon检验表明其种间最小变异明显大于其种内最大变异,较有利于物种的鉴别；barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势。 3.在鉴定效率方面,ITS序列对重楼与其商品药材的鉴别效率最高,为96.2%。ITS+trnL-trnF组合序列在对亲缘关系很近的易混品材料的鉴别效率能达到100%。 4.基于ITS、ITS+trnL-trnF构建的树中,亲缘关系近的都各聚一支,且市购的10个商品重楼样本中,商品药材3与华重楼首先聚在一起,提示其与华重楼有较近的亲缘关系,而商品药材4与云南重楼亲缘关系较近,商品药材1与花叶重楼的亲缘关系较近,商品药材2与拳参一起聚在重楼属物种的外围,据此可鉴别商品药材2是伪品。 结论：ITS 序列可以作为鉴定重楼与其常见近缘种及市售商品药材的 DNA 条形码候选序列,同时我们推荐 ITS+trnL-trnF 组合序列作为其补充序列。