社会弱势群体的生存样态是一个社会文明程度的晴雨表，社会弱势群体的人权状况是一个国家人权保障水准的标尺。保护与救济社会弱势群体是实现社会公正和法律实质正义的基本要求，是构建和谐社会的题中应有之义。农民权益保护从社会公平的角度，高度关注作为社会弱势群体——农民群体的生存权和发展权，是文明和人道社会的一个基本要求，是宪政国家与专制国家相区别的一个标志，是民本主义的反映。农民权益保护的特殊价值在于减少不公正、不平等和消除贫困方面的变革性潜能，将农民权益保护机制的规范、标准和原则融入到发展的规划、政策和过程之中，凸现以权利为基础促进发展。认识新农村建设与农民权益保护之间的内在关联及暗合相通之处，在宏观上建构起二者之间良性互动的理论范式，自觉地把和谐新农村的理想目标与农民权益保护的精神理念熔铸于现实的制度设计与实践中，必将成为推动我国经济发展、建设社会主义和谐社会的强大动因。本文在分析农民权益保护基本理论的基础上，通过对国内外农民权益保护制度的实证调研与比较研究，结合中国的实际，对基于社区发展权理论的农民权益保护制度体系的建构进行了重点探索。研究中，笔者首先从基本内涵、法理依据、理念原则入手，对我国农民权益保护的基础理论进行了必要的剖析。法理解析方面主要从平等生存权、人的尊严、平等发展权三个维度依次展开；基本理念方面主要从人权保障、实质平等、民主保护、可持续和谐等四个层面进行阐释，为研究我国农民权益保护奠定了理论基础。其次，通过对我国农民权益保护的样本分析与实证研究，归结出我国农民权益保护的现状及存在问题，并进一步揭示出保护存在问题的成因(三大失灵的客观悖论)。至此，第三种力量在反思与发展中进入视野，进而着力提出农民权益社区保护的全新思维。实践呼唤理论的指导，紧接着对社区发展权理论进行了深入的概念考量与理论架构。这为社区发展权理论在农民权益保护中的运用奠定了基础。接着重点考察了国际上部分主要国家农民权益保护的基本模式、法律制度、实践操作等，从中凝练出对我国农民权益保护的经验启示。最后，对基于社区发展权理论的我国农民权益保护制度进行了创新架构，并提出了社区发展权理论下我国农民权益保护的制度设计。指出完善的农民权益保护制度体系的基本要求有三项：制度体系的全面性、制度体系的协调性、制度体系的可持续发展性。在以农民为中心的主体发展权与以土地为主的客体发展权的立体构建维度中，以农村社区发展权为实践的时空载体，第一次提出基于主客体和谐发展的社区发展权理论，通过社区经济发展、社区民主政治发展、社区文化发展等多维思路，从而寻求农民权益更新、更高层次的保护。本论文之研究希冀为政府相关单位作为日后修法或立法之提供参考，与有助于国内农民权益保护之持续健康发展。