基因芯片技术是近年来新兴的生物技术，可用于基因表达分析、疾病诊断、新药研发等多个领域，有极大的应用前景。然而现有的商业化检测仪器价格高昂，限制了芯片技术的推广，而许多精确度和灵敏度要求不高的低密度芯片，不必要用很高灵敏度的检测仪器，只需用简易实用的系统来进行检测。 本文提出了一个用全息滤光片代替通常所用的昂贵的窄带干涉滤光片和二色镜的简易的激光共焦扫描系统，对其应用于基因芯片的检测进行了实验研究。 文中首先介绍了基因芯片技术，然后对本所研制的全息滤光片的性能及其在系统中的作用进行了分析，设计并构建了实际的实验系统，对系统进行了静态测试，确定了系统的检测灵敏度，并编制程序，运用一个数控的X-Y移动平台，对芯片的荧光信号进行动态的扫描检测，重建了荧光信号的二维图象，最后，对结果进行了讨论并提出了今后改进的方向。 本文研究的结果表明，将全息滤光片应用于共焦系统对精确度和灵敏度要求不高的低密度芯片的进行检测，是可以实现的。它的进一步完善，有可能开发成功价格低廉、简易实用的基因芯片扫描仪，促进基因芯片技术的普及应用。