目的:免疫治疗在晚期肝胆系统恶性肿瘤的地位越来越高,但缺乏有效的疗效预测生物标志物。肠道菌群对肿瘤免疫治疗的应答有重要的调节作用,但在肝胆系统恶性肿瘤中的影响仍未清楚。本研究拟探究晚期肝胆系统恶性肿瘤患者的肠道菌群与抗PD-1单抗免疫治疗的临床应答和生存获益之间的关系。方法:本研究拟纳入不可切除的肝细胞肝癌和一线化疗（吉西他滨+顺铂）进展后的胆道系统肿瘤患者,收集免疫治疗前以及治疗过程中的新鲜粪便样品,使用宏基因组学对肠道菌群的多样性和丰度进行分析。通过线性判别分析和生存分析鉴定免疫治疗应答和生存获益显著相关的物种,并在KEEG数据库和MetaCyc数据库对鉴定的差异物种进行功能注释,探讨肠道微生物影响肿瘤免疫应答的潜在机制。结果:本研究共纳入65例肝胆系统恶性肿瘤患者,均使用免疫治疗方案,临床获益应答（clinical benefit response,CBR）组和无临床获益（non-clinical benefit,NCB）组之间具有显著差异的富集物种。毛螺旋菌GAM79（Lachnospiraceaebacterium-GAM79）显著富集于CBR组（p=0.016）,高丰度组的患者的无进展生存期（progression-free survival,PFS）和总生存期（overall survival,OS）较低丰度组的显著更长（p=0.020,p=0.023）。CBR组富集的伶俐瘤胃球菌（Ruminococcus callidus）和丹毒丝菌GAM147（Erysipelotrichaceae bacterium-GAM147）也与 PFS 显著相关（p=0.006,p=0.009）。对于丰度最高的拟杆菌门中的物种,Alistipes sp.Marseille-P5997丰度较高的患者,其PFS和OS 比丰度较低的患者显著更好（p=0.013,p=0.021）。相反地,NCB组富集的韦荣氏菌（Veillonellaceae）丰度越高,患者的PFS和OS越差（p=0.018,p=0.001）。功能数据库注释发现,CBR组肠道菌群显著富集的物种主要与能量代谢通路有关（如NAD生物合成）,NCB组肠道菌群显著富集的物种主要与氨基酸代谢通路有关（如精氨酸生物合成）,这些通路可能与次级胆汁酸代谢有关,从而影响肝胆系统恶性肿瘤免疫应答。此外,肠道菌群物种的整体多样性和相对丰度越高,免疫治疗相关不良事件的严重程度越低。结论:肠道微生物的多样性和差异富集的物种,会影响肝胆系统恶性肿瘤免疫治疗的临床应答和免疫治疗相关不良事件。高丰度的毛螺旋菌（Lachnospiraceae bacterium-GAM79）、拟杆菌（Alistipes sp.Marseille-P5997）和低丰度的韦荣氏菌（Veillonellaceae）与肝胆系统恶性肿瘤患者免疫治疗临床获益显著相关,可以作为潜在的疗效预测标志物和肠道菌群干预的对象。