大麦黄矮病毒(Barley yellow dwarf viruses, BYDVs)是引起我国麦类病毒病的主要病毒之一,可造成巨大经济损失。由于中国小麦种植区域的生态地理环境有很大差异,可能造成BYDVs含有较为丰富的变异类型。本试验以我国不同地区的大麦黄矮病株标样为材料,对其进行分子鉴定,明确不同地区分离物的病毒种类(株系)、分子变异和进化关系。2007～2009年共采集BYDVs标样987个,经RT-PCR及核酸斑点杂交(nucleic acid spot hybridization, NASH)方法检测我国近三年的小麦黄矮病发生情况,结果表明：标样的42%左右为阳性结果,其中,BYDV-GAV占据了阳性样品的大部分比例,BYDV-PAV、BYDV-GPV分别在特定区域优势地发生,PAV株系主要分布在湖北武汉、山东济南、安徽合肥、江苏南京、河南郑州、甘肃兰州和甘肃甘谷等地,GPV作为我国特有的大麦黄矮病毒,其在田间的侵染较少,主要分布在山西运城、山西临汾、陕西韩城、江苏南京、云南昆明、甘肃兰州和甘肃甘谷。通读蛋白(Read through protein, RTP)ORF5基因的RT-PCR产物经克隆测序,进行多序列比对分析不同病毒(株系)的分子变异情况。测序的45个BYDV-GAV核苷酸序列长度为1378bp左右,序列一致程度高,变异程度小。根据序列构建的系统进化树具有许多平行分支,表明BYDV-GAV序列之间没有明显的聚类,但也可以形成三个组群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)。多数分离物都聚集在Ⅰ组群,它们之间的遗传距离比较相近,这些分离物与已公布的中国分离物BYDV-GAV-CN相似性最高。组群Ⅱ中主要是河南、云南、贵州及西藏地区。组群Ⅲ只是由2个新分离物构成,它们与已发表的中国分离物BYDV-GAV-CN相似性最低,亲缘关系最远。BYDV-PAV核苷酸序列与BYDV-GAV结果不同,1335～1350bp个碱基中有多处位点发生变异,变异在3′末端相对比较集中。系统进化树形成四个组群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ),虽然这四个组群从同一进化分支而来,但其各自序列相互间差异程度较大,进而分别聚类成组。组群Ⅰ、Ⅱ拥有共同的祖先,组群Ⅲ、Ⅳ拥有共同祖先。组群Ⅰ中包括39个新分离物、1个国内已发表分离物。组群Ⅱ多是云南地区新分离物,它们与公开发表的BYDV-PAV-CN分离物亲缘关系比较近。组群Ⅲ包括1个河南地区新分离物和6个国外分离物。组群Ⅳ是由两个国外已发表分离物组成。其中09HNZZ4与国外分离物亲缘关系近,相似性高,而与国内各分离物亲缘关系较远,相似性低。且河南地区分离物在3个组群里都有分布,并没有集中在同一个组群内,说明河南的PAV多样性丰富。在整个的BYDV-PAV分离物类群中,这些分离物并没有根据相同的采集时间和采集地点而受到严格的限制。BYDV-GPV的RTP-ORF5基因在变异方面与BYDV-GAV类似,序列保守,变异不大,变异主要集中在3’端。