白菜类作物是一种重要的经济作物,也是研究基因组多倍化和形态演化的模式植物。国际白菜基因组测序项目于2003年启动,新一代测序技术在2008年成功应用于白菜测序过程中。已经发表的有关指导白菜染色体组装的遗传连锁图谱,仅能将73.6%的scaffold锚定到染色体上。因此,构建一个更好覆盖基因组的遗传连锁图谱用以指导白菜染色体的组装是非常必要的。InDe1(insertion-deletion length polymorphism,插入缺失长度多态性)标记是一种基于基因组序列的新型分子标记类型,具有标记特异性高、稳定性好、检测方法简单、经济等优点。基于全基因组测序的InDe1标记开发能够开发出大量在基因组中均匀分布的分子标记,为高密度遗传连锁图谱的构建、控制重要农艺性状的目的基因的精细定位和功能基因的图位克隆奠定坚实基础。本研究利用白菜重测序序列开发的InDel标记,构建了一个高密度白菜遗传连锁图谱,该图谱可作为白菜基因组组装、染色体锚定的参考图谱。此连锁图谱的开发和构建对白菜基因组序列信息和遗传信息的整合将发挥着至关重要的作用。主要结果如下:1.以六个有代表性的白菜品系为材料,从PCR反应体系、反应程序和标记检测体系等方面的对InDel分子标记技术进行优化,最终建立了一套完善的适用于白菜类作物的InDel标记检测体系。2.本试验所获得的RCZ16_DH群体白菜类作物遗传连锁参考图谱由507个序列特异性分子标记组成,其中InDel标记415个,SSR标记92个。覆盖基因组总长度为1234.2cM,标记间平均图距为2.43cM,标记间平均物理距离为559.8kbp,整个连锁图中的平均标记数为0.41个/cM,是目前最饱和的白菜参考遗传连锁图谱。3.利用构建的RCZ16_DH群体参考遗传图谱能将152个scaffold(235Mb)锚定到白菜染色体中,覆盖白菜组装基因组的82.9%。该图谱成功应用在指导白菜染色体的组装过程中,结合之前发表的VCS_DH、JWF3P和CKDH三个白菜遗传图谱,可以将高达88.9%的scaffold锚定在白菜染色体上,使得白菜基因组测序计划顺利完成。