新中国成立以来,随着社会经济的发展,尤其是水利水电工程的建设,造成了大规模的水库移民,随之而产生了各种复杂的移民问题,制约了水利水电事业的发展。水库移民管理机构是水库移民工作的主要实施者,很大程度上决定了移民工作的成败,是移民能够顺利进行搬迁安置、发展生产、恢复生活水平的重要组织保障。但是,目前水库移民管理机构组织建设中还存在一些问题,工作能力有待进一步提高。　　本文针对水库移民管理机构组织建设的总体情况,总结各地水库移民管理工作经验,分析归纳了水库移民管理机构在水库移民安置规划阶段、实施阶段和后期扶持阶段的主要任务,指出水库移民管理机构具有社会管理、专业技术和综合协调的职能特性。从执行能力、组织能力、队伍能力三个方面,针对其执行难度大、保障体制不健全、顶层构架缺失等原因,对水库移民管理机构能力不足进行分析。将大部门体制和自组织理论应用于水库移民管理工作,为当前移民管理机构组织建设提供了新的视角。首先着眼于整合职能相同或相近的“小部门”成立“大部门”,系统的内部与外部应时刻保持协同性、开放性和自主性,以充分发挥职能。由此提出,整合各级移民管理机构,列入政府直属序列,实施垂直管理,规范机构设置,建立决策、执行和监督三个层次相互协调与制衡机制。本文以Y县为例,采用价值工程技术,通过功能分析与评价,计算价值系数,得出组织优化的方案,有利于调整水库移民管理机构组织职能,优化结构,从而充分发挥其效能。水库移民管理机构组织高效运行需要思想观念、管理体制、组织体系、人员及监督等多方面的创新和制度保障。进一步加强水库移民管理机构组织的建设,不仅可以提高自身的能力,也为保护移民正当权益提供了组织保障,对库区和移民安置区社会稳定、发展具有深远的意义。