当前我国正在大力推动创新驱动发展战略,区域创新系统的产学研协同创新机制能否有效运行又决定着区域创新能力的高与低。随着近年来市场经济体制改革的深化,特别是科技创新体制的改革,我国一些省市出现了一种集产学研协同创新为一体的新型研发机构,有效改变了传统研发机构存在的弊端,并促进了区域创新能力的提升。但调研发现,有关理论研究与现实发展不相适应、大大滞后,现实发展缺少理论指导。因此本文关注新型研发机构及其运行机制问题,试图结合国内外发展经验,基于对广东新型研发机构运行发展现状的观察,对此开展较为深入系统的研究。本文通过对现有文献和现实案例的考察,总结得出了新型研发机构这一新生事物的定义和特点,并重点分析了新型研发机构的运行机制。研究发现,新型研发机构本质上是一种深化的产学研合作,其通过整合产学研各方创新资源并利用市场机制进行配置,既进行基础研究,同时直接面向市场需求进行科技成果产业化,成为一个自主经营、独立核算的新型研发组织。新型研发机构之所以新在于它具有多元化的投资主体、市场导向的研发模式和体制机制创新等新的特点,是将产学研协同创新机制内部化的独立法人组织。因此,新型研发机构能够比传统研发机构更贴近市场需求、更具有活力,能有效提高产学研协同创新效率,成为区域创新系统新的重要主体。