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RNA分为编码RNA和非编码RNA(英文全称non-coding RNA，简称ncRNAs)。细菌中的非编码RNA-般被称为小RNA(简称sRNAs)，近年来细菌研究领域兴起了对小RNA的探索热潮，因为小RNA已经被发现对细菌的各种代谢过程甚至包括致病过程有重要的作用。本课题组致力于研究十字花科黑腐病菌(Xanthomonas campestris pathovarcampestris，简称Xcc)。其小RNA的鉴定工作目前已经进展到了一个重要阶段。经高通量测序(RNA-seq)以及Northern杂交验证鉴定出来的小RNA数量达到100个左右。本工作的内容是对其中六个小RNA-sRNA-Xcc19、sRNA-Xcc20、sRNA-Xcc21、sRNA-Xcc22、sRNA-Xcc23、sRNA-Xcc24的功能进行鉴定。
为了研究这些小RNA的功能，我们拟通过这样的技术路线：构建它们的过量表达菌株和缺失突变体并进行表型分析。
目前，我们完成了这六个过量表达菌株以及一个缺失突变体的构建，根据它们过量表达或者缺失的小RNA分别将其命名为OE19、OE20、OE21、OE22、OE23、OE24、DM19。然后以野生型Xcc8004以及Xcc8004p(导入空质粒的对照菌株)为对照，对其进行了碳源利用、金属离子耐受性、蛋白质变性剂、胞外酶及胞外多糖、致病性、过敏性、游动性等多方面的多种表型分析。结果显示，其中2个过量表达菌株和Xcc8004以及Xcc8004p相比在几个方面分别有较明显的表型变化-OE23的胞外蛋白酶的分泌显著下降了，同时其对Cu2+、Zn2+以及Cd2+和Ni2+以及蛋白质变性剂SDS耐受能力下降，在营养缺乏条件下的生长能力低于Xcc8004以及Xcc8004p；OE24在营养缺乏条件下生长速度明显低于Xcc8004以及Xcc8004p，值得关注其对寄主的致病力严重下降，几乎消失；其他五个菌株的各种表型与Xcc8004以及Xcc8004p相比都没有明显的差异。sRNA-Xcc23和sRNA-Xcc24是否参加了相关的代谢过程，是否和致病相关，其余的四个小RNA是否不参与相关的代谢过程，是否不和致病相关，都需要进一步的实验论证，包括构建其余五个小RNA的缺失突变体以及对应的互补菌株。