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本研究采用单链构象多态性(SSCP)方法并结合测序技术对11个中国地方黄牛品种;1个培育品种和3个引进品种共15个品种526头个体线粒体DNA D-loop序列和12S rRNA基因的多态性进行研究,结果表明:我国地方黄牛品种在线粒体DNA D-loop第一高变区(HV1)的变异率较高,尤其是品种内更高。通过SSCP方法显示出6种单倍型,据此确定79个测序个体。测序结果共发现核苷酸多态位点94个,约占总检测位点的25.1%;其中简约多态位点72个,单一多态位点22个。用MEGA3.1对核苷酸变异类型进行统计,发现转换14次,颠换2次,并存在碱基插入/缺失。79条测序有56种单倍型,产生这么多变异位点主要是由复州牛41号和37号的突变造成的。用MEGA3.1和Network 4.1.1.2软件对D-loop进行亲缘关系和系统进化分析。系统进化分析表明:这15个牛品种有瘤牛、普通牛和另外一种(由复州牛41和37号形成)组成的3种起源。与NCBI上牛种的序列比较发现这第三种起源不同于奔腾牛、短角牛和牦牛。除了平武黄牛、安格斯、海福特和复州牛不含瘤牛血统之外,其它品种均在不同程度上含有瘤牛血液。用距离法构建亲缘关系:所有品种分为瘤牛和普通牛两大分支。其中,渤海黑牛首先与瘤牛聚为一个类群,其次再与大南阳牛、大别山牛聚在一类,说明渤海黑牛与瘤牛的关系更近,而其他牛品种则聚类到普通牛类群:国外品种日本黑牛、安格斯牛和海福特牛首先聚在一起,说明其关系较近;中国西门塔尔牛与蒙古牛、延边牛三者首先聚在一起,表明三者关系最近,造成这种结果可能是因为中国西门塔尔牛是与北方如内蒙古、辽宁、黑龙江等地的黄牛品种杂交形成有关。其次,平武黄牛、复州牛、湘西黄牛、晋南牛、秦川牛和鲁西牛都不同程度的聚在一起。湘西黄牛比较特别,因为从外形看,湘西黄牛高耸的肩峰应该更具有瘤牛的特性,而且根据以前的文献报道南方黄牛所含有瘤牛的血统要更多一些,却聚在普通牛类群中,说明其含有更多的普通牛血源。15个品种的线粒体DNA 12SrRNA SSCP分析发现有4种多态类型,其中Ⅰ和Ⅱ多态类型分布频率较大,而Ⅲ和Ⅳ两种类型出现频率很低。测序结果与多态类型相对应。复州牛41号和37号两个个体产生的多态类型与其他类型序列相差较远。12SrRNA基因的平均多态信息含量(PIC)统计表明:中国黄牛品种PIC值在0.115～0.423之间,晋南牛最高为0.423,除了蒙古牛和延边牛PIC小于0.25属于低度多态外,其它中国地