仔猪零星死亡是目前养猪生产中十分常见的现象,多发生于仔猪的哺乳期和断奶后保育阶段,因其累积死亡数量较大,对养猪业造成的损失和潜在威胁较大,已逐渐引起人们的关注和重视。重庆西部地区畜牧业发达,有日全农牧、新希望六和等众多国内著名农牧企业入驻。随着渝西地区养猪规模的日益扩大,其中哺乳仔猪零星死亡现象频频发生,且存在难预防、难控制等问题。猪流行性腹泻、猪传染性胃肠炎、猪轮状病毒A型和新型猪Delta冠状病毒病,均可引起仔猪腹泻、脱水等症状,疾病流行迅速,属于现代生猪养殖业中重点防控的疫病范畴。为探究渝西地区零星死亡哺乳仔猪的死亡原因,本研究于2017年7月至2018年8月对渝西部分地区8个规模猪场仔猪零星死亡情况进行了调查。将随机采集的零星死亡哺乳仔猪样本246份,采用病理剖检、石蜡切片镜检进行病理学观察,分析了零星死亡哺乳仔猪消化道病理变化特征和规律;利用分子生物学诊断技术,对病料中猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒A型和新型猪Delta冠状病毒进行了核酸检测。结果显示:(1)被调查猪场总产仔猪57346头,零星死亡3299头,平均零星死亡率为5.75%;其中春季零星死亡率最高,达8.18%,夏季最低,为4.01%。(2)消化道病理学检查显示,出现肠系膜淋巴结肿大、出血和小肠管充气、肠壁变薄现象的样本最多,达39.8%以上,有24.3%的样本存在消瘦、脱水,15.4%的样本小肠黏膜出血;且上述病变冬春季节多于夏秋两季。病理切片显示,被检仔猪小肠绒毛萎缩,黏膜上皮细胞坏死、脱落,且脱落后呈扁平或方形的未成熟细胞。(3)病毒核酸检测显示,猪轮状病毒感染率最高,为6.50%,其次是猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒,分别为4.88%和3.66%,猪Delta冠状病毒未检出;前三者混合感染检出数量占总样本数的3.66%,猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒合感染检出率为0.84%。为了解渝西地区猪轮状病毒基因型流行情况,以及该地区流行毒株VP7蛋白结构和功能特征,分析优势抗原表位。本研究对6株病毒VP4和VP7基因进行克隆测序,并通过生物信息学初步分析,结果显示:(1)成功扩增6株猪轮状病毒VP7基因,命名为CQ-2019/VP7-1~6,通过NCBI数据库对比分析得出渝西流行株均为G9基因型,未扩增到VP4基因。(2)多序列比对显示,CQ-2019/VP7-1~6基因序列相似度为99.92%,该基因序列与同型TM-a毒株同源性最不低于为93.7%,与不同G型代表毒株同源性最高仅为79.7%;基因进化树分析,CQ-2019/VP7-1~6毒株和同型毒株TM-a、NMTL在同一进化亚枝。(3)CQ-2019/VP7-1~6基因的ORF翻译出同一条氨基酸序列(CQ-2019/VP7),包含326个氨基酸残基;双序列比对结果显示CQ-2019/VP7与同型代表毒株似度为93.7%,与不同型代表毒株相似性最高为85.89%,进化树分析CQ-2019/VP7与同型毒株处在同一进化分支;此外,CQ-2019/VP7与重庆人源轮状病毒VP7蛋白氨基酸序列同源性最低为93.58%,且与之存在9个氨基酸变异。(4)CQ-2019/VP7蛋白一级结构预测显示,该蛋白含有115个疏水性氨基酸和121个亲水性氨基酸,属于稳定蛋白,不能分泌信号肽,为二次跨膜蛋白;二级结构预测,该蛋白主要由α螺旋、β转角和无规则卷曲组成。(5)潜在N、O糖基化位点、潜在磷酸化位点预测,CQ-2019/VP7蛋白存在1个潜在的N-糖基化位点和24个潜在的磷酸化位点;抗原表位预测结果显示CQ-2019/VP7蛋白存在5个优势抗原表位区域。渝西地区调查猪场哺乳仔猪平均零星死亡率达到5.75%,以冬、春季最严重;调查的四种病毒性腹泻病中,猪轮状病毒核酸检出率最高(6.5%),猪轮状病毒、猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎三种病毒混合感染检测率达3.66%。试验基于猪轮状病毒CQ-2019/VP7基因的生物信息学分析,渝西地区猪场仔猪猪轮状病毒流行的基因型为G9,与G9型中的TM-a毒株亲缘关系最近,预测CQ-2019/VP7蛋白有5个优势抗原表位区域。本试验结果为渝西地区哺乳仔猪零星死亡现象的防控提供了一定科学依据。