基因组DNA通过转录形成RNA,转录后的RNA进入细胞质参与合成蛋白质是贯穿整个生命活动的基本过程,对整个生命历程起着非常重要的作用。其中携带遗传信息的信使RNA（mRNA）作为翻译模板,直接决定了相应蛋白质的氨基酸序列,所以其特定位点的突变会直接改变相应蛋白的结构和功能,从而引发多种疾病,甚至癌症。此外,RNA的碱基修饰对细胞的生长、代谢和凋亡等生物过程也非常重要。其中N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine,m6A）是最广泛的RNA碱基修饰形式之一,由腺嘌呤（A）的第六位N原子发生甲基化而来。m6A不但可通过调节mRNA的翻译、剪切和降解对基因表达发挥动态调控作用,而且在生物体中m6A与癌症和白血病等疾病密切相关。一些特定位点的mRNA突变已经成为癌症早期诊断和预后的重要生物标志物,而一些确定位点的m6A也逐渐受到了相关领域的重视。因此,高灵敏度、高选择性地检测疾病相关的mRNA突变及RNA中的m6A对生物学及生物医学都具有重要意义。在本论文中,我们基于核糖核酸酶H（RNase H）酶切辅助的反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）和合理的设计,发展了检测特定位点的mRNA突变和RNA中m6A的方法。主要研究内容如下:（1）准确定量单细胞或外周血中特定位点的mRNA突变对于遗传性疾病和癌症等研究都具有重要意义,但如何避免大量正常mRNA产生的假阳性干扰仍然是一个很大的挑战。基于此,本论文发展了一种基于RNase H酶切辅助的RT-PCR的方法来检测特定位点的mRNA突变。在该项研究中,我们设计了一条与野生型mRNA（wtRNA）完全匹配而与突变mRNA（mutRNA）存在单碱基错配的锁核酸（LNA）修饰探针。该探针可以选择性地引导RNase H只酶切掉wtRNA,而mutRNA保持完整结构。完整的mutRNA可以通过实时RT-PCR扩增和检测,但是断开的wtRNA则不能进行扩增了。基于对wtRNA的高选择性消耗,该方法拥有较好的特异性,能够在大量野生型mRNA的背景下准确识别出0.1%的突变mRNA。同时,本方法还可以在单分子和单细胞水平上高灵敏地检测mRNA突变,甚至可以检测到浓度低至1 aM的mutRNA,表现出超高的灵敏度。由于该方法同时具备了高灵敏度和高特异性,在以mRNA突变为靶标的疾病临床诊断和生物医学研究方面具有良好的应用前景。（2）m6A的分布和表达在生物体内具有明显的组织差异性,因此灵敏而准确地检测生物体中m6A的含量对生物学研究及与m6A相关疾病的诊断都有非常重要。然而,m6A中甲基属于惰性基团,并且空间位阻小,不破坏A/T或A/U的碱基配对原则,无法通过常规方法区分同一位点的A与m6A。受上一个工作启发,在该项工作中,我们设计了一系列与目标RNA完全互补匹配的核酸修饰探针用于识别和区分确定位点的m6A和A。其中,一条有4个2’-氧-甲基核苷酸和一个RNA碱基嵌入的DNA探针能够引导RNase H消除大部分来自未甲基化RNA的假阳性干扰,并结合实时RT-PCR核酸扩增技术初步实现了对m6A与A的区分,为高效检测RNA的甲基化修饰提供了一种新思路。