2008年1月1日起生效的《中华人民共和国企业所得税法》,体现了我国税制改革与时俱进的时代精神。该部法律中规定的合并纳税制度,与通常的“独立—属地纳税制度”相比,具有突出的特异性。合并纳税制度强调的是不同主体在税基确定上的差异性,或者说是某些主体在税法待遇上的特殊性。正因如此,合并纳税制度需要深入研究,对其用语、适用范围以及与相关制度的关联等问题,都需要做出梳理,然后进一步研究其中的相关法律问题。本文除引言和结语部分外,共分为三个部分:第一部分,首先介绍了合并纳税制度的概念,然后分析了合并纳税制度与税法基本原则要求的差距。在将其与转移定价、亏损结转制度比较的基础上,认为该制度的创设具有一定的合理性,在一定程度上减轻了特定纳税主体的税收负担,但这种以企业的经济属性为基础的差别性税收待遇与促进资源有效配置的宏观经济目标是背道而驰的。第二部分,本文通过对我国有关合并纳税制度规定的梳理,结合目前实务操作的实际情况,从四个方面剖析该制度在运行过程中存在的问题。第三部分,根据第二部分的结论,以美国和法国为例,对其合并纳税制度进行具体分析和比较,力图有的放矢地就我国应当如何完善该制度提出相应的政策建议。本文的创新之处在于:用税法基本原则考量我国的合并纳税制度,在分析其合理性的背后,发现该制度还有其自身的缺陷,不应盲目推崇。其次,通过对有关合并纳税制度的规范性文件的梳理,结合实务操作中的困境,找出合并纳税制度目前存在的几种问题,逐一分析,并提出相应的建议。