经济社会的高速发展，需要加快科技发展的脚步作为支撑，科技创新能力已逐步成为促进经济发展的核心驱动力，是区域发展的决定性因素。重庆市作为最年轻的直辖市、西部地区的经济增长极，与北京市、上海市相比，在经济和科技发展水平上还存在一定的差距。同时重庆市也是一个经济结构复杂的复合型城市，特殊的地理位置、区位条件决定了各区域经济、科技水平存在不均衡现象。为明晰地反映重庆市的整体科技发展水平和各区域的科技发展差异，本文引入科技梯度的概念，并使用科技梯度系数来度量重庆市各区域间的科技发展差异。类比于产业梯度系数，本文采用比较科技人力投入率、比较科技财力投入率、比较科技创新效率和比较综合科技进步水平指数的乘积来表征科技梯度系数，并依据这个模型测算了重庆市各个功能区域的科技梯度系数。测度结果表明，重庆市各个功能区的科技发展水平呈现显著的梯度空间分布状态，都市功能区（包括都市功能核心区和都市功能拓展区）的科技梯度系数远高于其它三个功能区域，在科技活动投入和科技活动产出上都具有明显的区位优势。此外，使用离散系数和泰尔指数两种方法分析了各功能区所包含区县的科技发展差异情况和重庆市总体科技发展差异的构成。都市功能区各区县的科技发展比较均衡，渝东北、渝东南各区县的科技发展差异比较大，对科技发展水平影响最大的指标是科技活动投入和科技活动产出。文章最后分析了各区域间的科技发展梯度差异所带来的积极和消极影响，并从持续加强科研投入力度，促进科技成果产出；以强带弱，发挥科技聚集地区的带动作用；加强区域科技发展一体化的交流和合作几个方面对提升重庆市的科技发展水平提出对策建议。