受传统发展方式的影响,近几年来,我国环境问题日益突出,威胁着人们的生存,阻碍着国家的可持续发展,因此有效约束、严厉打击严重的环境污染行为成为重中之重。污染环境罪作为打击严重污染行为的利器被寄予厚望,但因其自身的独有特征,使其因果关系认定具有一定的特殊性,特别是环境污染结果形成机理的复杂性所导致的对科学技术的较高依赖性与现有科技难以完全满足其需要的矛盾,容易导致部分严重的污染环境犯罪逃避刑事法网的制裁,因此,有效解决污染环境罪因果关系认定所面临的困境、进一步完善环境犯罪刑事法网,成为本文研究的方向。本文共分为四个部分。第一部分主要讨论了污染环境罪因果关系认定的基本问题,明确了污染环境罪因果关系的概念界定,具体分析了刑法因果关系的双层次理论,阐述了这一理论在污染环境罪因果关系领域的具体适用,通过分析污染环境罪因果关系的特殊性指出我国污染环境罪因果关系认定的难题,主要有事实因果关系领域的污染物质查证难、证明链条建立难以及法律因果关系领域的多因一果刑事责任认定难的问题,为下一步具体探究解决之策奠定基础。第二部分主要讨论了污染物质查证难问题的解决思路,具体分析了疫学研究方法的适用,在否定日本疫学因果关系理论的基础上借鉴美国经验提出了对于疫学研究结论的选择性适用。第三部分主要讨论了证明链条建立难问题的解决思路,在妥善考量我国刑法和刑事诉讼法体系构成的基础上,提出了对"因果关系推定"和"间接反证规则"的反思,主张可以考虑通过对条件说的精细化适用降低控方的证明难度,具有较高的实用性和可行性。第四部分主要讨论了多因一果刑事责任认定难的问题,明确了多因一果问题与介入因素问题的界分,主张适用原因力标准认定和划分各个污染行为所应承担的客观刑事责任。