云南作为传统的农业大省,要提高全省的经济竞争力,农业的发展成为引领云南省经济发展的基础。2011年为抓住农业结构调整,促进云南省传统农业向现代农业转型的这个关键时期,云南省政府提出了“大力发展云南省高原特色农业”,打响云南省农业的“四个名片,六大特色产业基地”。云南省只有充分依托其独特的资源基础、气候特色,发展具有其自身特点的特色农业,才能进一步加快云南省农业转型的步伐。本文采用阶段DEA模型,对云南2004-2013年的农业效率进行分析评价,结果表明云南省十年间的农业效率虽然有增长但效率平均并不高。为了分析影响云南省高原特色综合效率的外生因素,本文又在此基础上选取了外生环境因素变量,通过Tobit模型,对2004-2013年云南省高原特色农业效率和环境影响因素做回归分析,根据回归分析所得系数绝对值对外生影响因素进行排序。一方面,从投入、产出角度利用DEA模型测度了2004-2013年云南省农业生产综合效率、纯技术效率和规模效率,实证结果显示2013年云南省高原特色农业效率达到DEA有效。2004-2013年十年间云南省高原特色农业效率整体水平不高,由于云南省农业纯技术效率十年间都接近于1,规模效率成为主要的制约云南省高原特色农业综合效率的因素。另一方面,外生环境因素对云南省高原特色农业的综合效率的影响各不相同,其中农村居民家庭人均纯收入的增加有助于提高生产效率,而城市化水平、财政支农支出、农作物受灾总面积都对农业综合效率有负面的影响。