大豆[Clycine max(L.)Merr.]是具有极高经济价值的优质植物蛋白和植物油脂来源作物,在世界经济和粮食作物中占有极重要的地位,在我国栽培已逾五千年。大豆育种工作在生产实践中是一种重要的选择优秀种质资源的手段。多年来,自然和人工选出了大量地方品种以适应不同地理环境、气候条件和生产需求,多样的地方品种是现代大豆育种工作坚实的资源基础。中国近百年的大豆科学育种使得大豆品种高产、稳产、优质等育种目标性状不断得到改良和提高。根据资料统计得知,在1923至2005年间我国育成的一千三百个大豆育成品种中,黄淮海地区和南方地区是占比例较大的两个产区,对这两地大豆育成品种进行遗传多样性研究与遗传结构特点分析,有利于中国大豆种质资源更好的的保存、更有效的利用、更合理的开发,在育种工作中对制定育种计划和选配亲本都有重要的意义。综观国内外的大豆育种趋势,分子标记技术(RAPD、SSR、SRAP、TRAP等)已广泛用于植物亲缘关系和进化关系的研究当中。TRAP技术作为2003年研发的一种新型分子标记技术具有准确度高、灵敏性强、重复性好、操作简单、效率高、多态性丰富等优点。采用TRAP分子标记技术分析158份来自我国黄淮海与南方地区13个省份的比较具有代表性的大豆育成品种的遗传多样性,并将各省份、各时期段样品分亚群进行遗传关系与遗传结构特点分析,希望通过拓宽遗传多样性来提高大豆育成品种的质量,为目标性状育种工作打下好的资料基础。研究结果如下:对一组内具有不同Tm值的固定引物和随机引物进行了温度梯度筛选的实验,在PCR仪器上设定退火温度为50±5℃,由机器自动生成12个梯度的温度,分别为:44.9℃,45.6℃,46.4℃,47.2℃,48.3℃,49.3℃,50.5℃,51.6℃,52.8℃,53.7℃,54.6℃,55.1℃。每个省选取一个代表样品进行实验,共检测了84组引物,最终筛选出21对。引物筛选时,有的引物对在高温区能扩增出较好的条带,有些则相反在低温区表现更好,有的在中间区域表现最好,有些却在高温和低温区均表现较好,在中间温度区却无法扩增出清晰条带。选择条带最清晰,多态性位点更多者作为筛选实验最终结果。筛选出的21对引物Tm值相差最大为引物b7a4,差值9.1,最小为b2a4,差值0.1。这些引物对的共同特点为:除引物对b2a4的Tm值相差太小不能作为统计结果以外,表现最好的退火温度都处于两引物Tm值之间。用温度梯度实验筛选出的21对多态性好的TRAP引物对158份样品进行遗传多样性分析,每对引物在进行PCR扩增时使用温度梯度筛选出的最佳退火温度。21对引物共扩增出436个较清晰条带,总计68886个多态性位点,各引物条带数在18-26之间,平均20.7条,引物b8a4扩增出的条带最多为26条,引物B2a4、B3a4、B7a4最少为18条。Shannon信息指数(I)的范围为0.4922~0.6792。Nei’s基因多样多样性指数的范围0.3301-0.4862。使用NTSYS软件基于TRAP分子标记的数据进行UPGMA聚类分析,结果在相似系数D=0.58处,将158份大豆育成品种分成3大类:第一大类共有4个品种;第二大类仅2个品种;第三大类152个品种,利用MEGA软件构建的聚类图将所有品种分为四类,第一类14个品种,第二类仅1个品种,第三类3个品种,第四类有140个品种。a3,a8,a21,e23这四个品种在NTSYS软件聚类结果中被最早分支,而MEGA软件最早分支的Ⅰ类群中也同样包括这四个品种在内。根据结果认为两个产区之间存在频繁的种质交流,因此没有像预测认为的地理距离近的种质聚为一类的现象。利用NTSYS软件检测TRAP功能分子标记的相关性,相关性系数r=0.90026;通过Popgene软件计算基于TRAP分子标记的黄淮海及南方大豆各省份之间的遗传距离,最大距离为0.9778,最小为0.0225。各时间段之间的遗传距离最大为0.9807,最小为0.0195;利用CanniCo5.0软件检测基于TRAP功能分子标记的样品的遗传距离,显示大部分大豆育成品种的遗传距离较为接近,但也存在一部分游离在主要集群外的个体,这些个体的遗传距离较远,可以作为发展新品种,拓宽遗传多样性的后备役。