【摘 要】
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MicroRNAs(miRNAs)是一类新鉴定的、非编码蛋白、长度约为22nt的单链小分子RNA。大量研究表明miRNA在生物过程中发挥着重要的作用，包括对发育、细胞增值和凋亡、胁迫响应等方
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MicroRNAs(miRNAs)是一类新鉴定的、非编码蛋白、长度约为22nt的单链小分子RNA。大量研究表明miRNA在生物过程中发挥着重要的作用，包括对发育、细胞增值和凋亡、胁迫响应等方面的调控。在本研究中，我们联合了几种生物信息学方法预测了油菜植物中miRNA及其靶基因。通过把拟南芥、水稻等植物已知的miRNAs与油菜的GSS和EST数据库进行比对搜索，经过一系列的标准筛选，最后在油菜上鉴定到了21个miRNAs。再把21个miRNAs与油菜的mRNA数据库进行比对搜索，找到了67个靶基因。根据NCBI(http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/)上对靶基因的功能注解，我们发现，上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类，它们调控着植物的生长发育，信号转导及各种胁迫反应。为了验证所预测的miRNA，采用了RT-PCR的方法鉴定了5个油菜miRNAs，并且对这5个miRNAs做了表达分析。结果表明，这5个miRNAs对生长素、Cd毒害和缺磷胁迫具有响应。迄今为止，通过互联网及国内外文献查阅尚未发现在油菜植物上有预测和鉴定miRNA的报道。此外，为了增强搜索比对的效率，我们还开发了一个名为“miRNAassist”的软件。该软件可用来鉴定miRNA及其靶基因，在搜索过程中具有较高的敏感性和特异性。
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