查尔酮合成酶是类黄酮类物质合成的关键基因,是下游合成反应的限速因子,对于植物花色的形成和表现有着重要的影响。本研究克隆分离了菊花CHS基因cDNA全长序列,希望对我国传统菊花花色研究奠定基础。本研究以菊花花瓣为实验材料,根据Genbank上CHS同源基因序列,应用RT-PCR和RACE的方法,克隆了CHS同源基因的cDNA全长,命名为CMCHS,Genbank登陆号为DQ521272。该基因长1416bp,包含完整的ORF。ORF全长1194bp编码397个氨基酸和一个终止密码子。根据序列分析的结果,该基因与其它植物的CHS同源基因的氨基酸序列同源性在56%～99%之间。由获得的cDNA序列推断的氨基酸序列具有查尔酮合酶活性位点Cys¹⁶⁷,Phe²¹⁸,His³⁰⁶,Asn³³⁹,编码具有CHS活性的蛋白。