扁柑(C. reticulata Blanco cv. Biangan)属芸香科(Rutaceae)、柑橘亚科(Aurantioideae)、柑橘属(Citrus)植物,是广西特有的柑橘品种,丰产稳产,果型美观,色泽鲜艳,耐贮藏。目前,扁柑资源仍未得到很好的开发利用,且该资源存在着同名异物或同物异名的现象,在分类上属于宽皮柑橘类的“柑”还是“桔”未得到证实,为了充分利用和保护扁柑优良种质资源,了解扁柑种质资源的现状、分类地位及亲缘关系,本研究对扁柑种质资源进行调查收集,同时进行了形态描述和染色体核型分析,并利用ISSR和SCoT分子标记分别对26份种质资源进行了遗传多样性分析。主要结果如下：1.通过实地调查,共收集了26份扁柑及其它柑橘资源,分别采自广西那陈镇、浦北县、大新县、金城江区、凭祥市、龙州市、上思县、百色及越南等地。2.调查发现一些扁柑单株表现无核率高、有脐、丰产、风味佳等优良性状。3.扁柑树冠扁圆形,叶卵状披针形,两性花,果实扁圆形,果色橙红,单果重65.66g～183g,可溶性固形物11%～14%,可食率70%,果肉色泽橙红色,中等化渣,有香气,平均瓤囊数11,桔络较多,白色,种子0～15粒,多胚,子叶绿色。4.进行了ISSR-PCR和SCoT-PCR反应体系及程序优化,建立了适合于扁柑资源的ISSR-PCR和SCoT-PCR的反应体系。5.扁柑亲缘关系ISSR和SCoT分析表明：在遗传系数为0.76水平处均能将27份资源分成了两大类,第1组包括：腊月柑1-4、腊月柑珠心苗、龙州本地柑、凭祥本地柑1-3、广柑、越南柑橘1-2、浦北扁柑无核、那陈扁柑1-2、那陈扁柑珠心苗、百色乌拉扁柑、百色六鸡扁柑、金城江扁柑、上思扁柑1-3、栟柑和南丰蜜桔；第2组包括：宫川早温和兴津早温。由以上亲缘关系分析,扁柑分类上应属于宽皮柑橘中的“桔”6.染色体观察及核型分析结果表明：扁柑为二倍体,2n=2x=18；核型为2B类型。