近几年，中国基础设施和各类建筑总投资量突飞猛进，但是投资效益低下的问题却一直没有解决。基础设施是政府投资项目的直接载体，是一项复杂的建设工程系统。在项目的全生命周期内管理都是由多个基于建设工程项目的组织共同参与实施，这种多组织多项目共同作用的复杂系统增加了在组织管理方面的难度，政府投资项目的公益性和复杂性使这类组织管理问题日益突出。在运用生态学原理和现代组织理论对中国政府投资项目管理系统和其重要的环境系统（建筑市场）的结构、功能和相互关系分析的基础上，寻找影响政府投资项目的瓶颈、揭示产生问题的根源和机理。政府投资项目的一次性合作和建造过程中参与主体与工程产品的时空分离导致的系统不稳定和无法实现参与主体协同演化是问题的关键。论文通过建立有效的政府投资项目的组织群体管理系统来改进系统环境，保证政府投资项目目标的全面实现，使政府投资项目达到投资的增值，促进建筑市场成熟和带动相关行业发展，最终实现促进地区经济甚至国家经济发展的战略目标。论文从生态学的视角，对政府投资项目组织系统结构和环境进行了分析，建立了政府投资项目生态系统和建筑市场生态系统的研究框架。通过对不同生态系统的类比，提出了政府投资项目生态系统的核心问题是本身结构的缺陷和环境的不和谐，导致政府投资项目组织系统内生物体之间不能形成长期稳定的协作关系，影响投资效益和系统不能协同进化。同时，基于生态网理念构建政府投资项目生态网联盟，并对其组织架构及运行机制进行了研究，包括如何利用生态网联盟对优势企业联盟的培育和联盟中项目的具体运作如何实现集成化管理等。运用演化博弈方法探讨了核心项目参与方之间的博弈行为，证明了生态网联盟有助于参与组织间的协同进化。研究成果可以为提高政府投资项目的管理效益提供帮助，同时在推动政府投资项目组织群体协同进化和促进建设市场和谐发展等方面有促进作用，为建筑市场向成熟和健康方向发展提供借鉴。