普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)作为亚洲栽培稻的祖先种,蕴含了许多优异的基因,是水稻育种中重要的遗传资源。水稻起源于我国,种植历史悠久,我国还拥有丰富的普通野生稻资源。本研究通过对我国8个地区(东乡、佛冈、博罗、增城、惠来、高州、遂溪、琼海)的普通野生稻重要表型性状进行调查和分析,掌握它们的表型变异以及多样性水平,为水稻改良和育种提供基础的材料,同时也为后续普通野生稻的全基因组关联分析提供真实可靠的表型结果。本研究主要的结果如下:(1)对11个表型性状的调查分析表明,二次枝梗数变异系数最大,而谷粒长的变异系数最小;居群间比较发现,博罗居群的变异系数最大;方差分析的结果表明,除芒长外,其余性状在8个居群间差异显著。(2)相关分析的结果表明,各性状之间存在不同程度的相关性,且大部分显著或极显著相关。尤其是剑叶长、宽和谷粒数、枝梗数之间,穗长、每穗谷粒数和枝梗数之间都表现出了极显著的相关性。株高、一次枝梗、穗长、每穗谷粒数与纬度呈显著的负相关。(3)表型多样性指数的结果表明,一次枝梗数的平均多样性指数最高(1.772),穗型的多样性指数最低(0.691),居群间的比较发现,琼海居群的表型多样性指数最高(1.563)。(4)主成分的分析结果表明,剑叶长宽、谷粒大小以及穗部特征的表型变异对居群的变异起主要作用。(5)综合此次表型分析的结果,讨论和分析了所调查的表型数据在后续全基因组关联分析中的有效性。结果表明,此次调查的结果可用于后续的全基因组关联分析。(6)我们还组装并注释了一个普通野生稻的叶绿体基因组并构建了整个稻属的系统发育关系。