目的:甲状腺乳头状癌（Papillary thyroid carcinoma,PTC）是最常见的内分泌恶性肿瘤,一旦出现淋巴结转移或远处转移,会严重影响PTC患者的预后,因此,寻找与PTC淋巴结转移和远处转移相关的核心基因对于PTC的诊断和治疗十分重要。材料和方法:我们在肿瘤基因图谱数据库（The Cancer Genome Atlas,TCGA）中获得了PTC的mRNA序列矩阵和相应样本的临床信息。利用加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）构建了共表达网络,建立了基因间相关性较高的基因模块与临床特征之间的关系。选择其中与淋巴结转移和远处转移相关性最高的模块,用cytoscape软件将模块中的基因构建互作网络（Protein-Protein Interaction Networks,PPI）并筛选核心基因。然后,通过GEO和Oncomine数据库中的数据集进行再次筛选。最后,收集86对PTC患者的癌组织与配对的癌旁组织,通过实时荧光定量PCR（RT-qPCR）实验验证筛选出的核心基因在PTC中的表达情况,并分析核心基因与PTC患者临床病理特征间的相关性。结果:使用WGCNA建立了19个与临床特征相关的基因模块,其中与PTC淋巴结转移相关度最高的是品红色基因模块,与PTC远处转移相关度最高的是深蓝色基因模块。使用Cytoscape软件进行PPI可视化,并与GEO数据库中GSE3678数据集中的差异表达基因取交集,得到12个与PTC淋巴结转移密切相关的核心基因（ARNTL、CDH3、CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5、PARP4、PERP、PPL、TNFRSF21和TIAM1）和10个与PTC远处转移相关的基因（LAMA2、IL6、HTR2B、HOXB3、H19、GPC3、GAS1、FOXC1、CCL17、LINC00346）。然后通过对比Oncomine数据,最终确定6个与淋巴结转移相关的核心基因（CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5和GPC3）和3个与PTC远处转移密切相关的核心基因（LAMA2、GPC3和CCL17）。最后,将收集的86例PTC患者组织样本进行RT-qPCR检测,结果提示,与癌旁组织相比,CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP和LPAR5在PTC组织中表达明显升高,而GPC3在PTC组织中的表达明显降低,以上差异均具有明显统计学意义（P<0.05）,其余3个基因（CDH3、CCL17和LAMA2）在PTC癌和癌旁组织中的表达未见明显差异（P>0.05）。进一步分析了CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5和GPC3与PTC临床病理特征的关系,发现上述6个基因在PTC中的异常表达均与PTC颈部淋巴结转移密切相关。另外,LPAR5在肿瘤>2cm的PTC中表达更高,而GPC3在双侧PTC组织中的表达比单侧PTC组织中的表达更低（P<0.05）。结论:本研究提取并发掘TCGA、GEO和Oncomine数据库中PTC相关数据,并在86对PTC临床标本中验证,筛选出CLDN1、COL8A1、COL8A2、IL1RAP、LPAR5和GPC3这6个与PTC淋巴结转移或远处转移密切相关的基因,为PTC的诊断和治疗提供潜在的基因靶点,为PTC转移相关分子机制的研究提供新的方向。