高等教育问责制就是在权责明确、权责统一的基础上,高校利益相关者对承担责任的高校及其教育工作者在教育、教学与管理过程中的误为、不为和滥为所产生的后果进行责任追究的一系列制度。推行高等教育问责制,是解决传统体制下的高校责任缺位的困境、纠正高校责权关系不对称、满足求学者、家长不断增强的服务要求以及顺应社会对高质量教学呼声的客观要求的必然选择。高等教育问责制可以新公共管理理论、委托代理理论、分权善治理论和后现代主义管理学思想为指导,应遵循权责统一原则、依法问责原则和公开透明原则。推行高等教育问责制有着重要的理论意义和现实意义,但问责制赖以生存的土壤在我国还不成熟,还存在着各种各样的现实困境。主要表现为:高等教育问责文化落后;高等教育问责配套制度存在缺陷;高校自主权与责任不匹配;高校信息公开受到许多限制。造成这些问题的原因主要有:“官本位”观念影响广泛,问责意识缺失;高等教育体制和高校科层制的弊端束缚了高等教育问责的推行。针对我国推行高等教育问责制的现实困境,应从社会、国家和高校三个层面加以改进。社会层面上,要培养高等教育问责文化,形成良好的社会问责氛围;从官本位向民本位转化,从对上级负责转向对公众负责,从公众冷漠转向公众参与;国家层面上,要为推行高等教育问责制提供条件保证;高校层面上,积极落实问责实践;建立一个明确的高校职责划分制度;加强高校信息公开制度建设,满足问责主体的知情权;健全和强化异体问责制度,保障问责主体的多元化;同时要进一步推进高校信息数据资源开发,为高等教育问责制的顺利推行提供技术保障。