司法实务中,控辩双方对于非法证据排除规则的理解与适用存在着不小差异。嫌疑人及其辩护人高举“人权保障”的大旗,要求对一切违法性证据予以排除。检察机关、审判机关对于非法证据的认定和排除慎之又慎。非法证据与瑕疵证据含混不清。有的认为一切违法证据皆为非法证据一律予以排除。有的认为一切非法证据都是瑕疵证据皆可补正。非法证据内涵不明外延不清,“毒树之果”无处安置。非法证据排除程序缺乏执行力,法官自由裁量权“无法无天”。这些都是我国非法证据排除规则在实施中所面临的现实问题。非法证据排除规则,有令不行,有禁不止。分析其原因主要来自三个方面：一是非法证据排除规则的价值冲突。二是立法原因。我国非法证据排除规则并不是按照非法证据排除规则的一般运行原理建立,而只是一种应对极端特殊情形的禁止性规定。立法对于非法证据认定概念模糊,表述不清。三是司法机关的原因。为了保证非法证据排除规则有效实施,建议从以下几个方面进行完善和修正。一是在司法实践中始终秉持以保障公民宪法性权利、遏制重大违法行为的指导理念,运用比例性原则处理具体案件的各种利益冲突。二是严格区分非法证据和瑕疵证据并坚持非法证据的强制性排除规则和瑕疵证据的可补正规则。三是明确非法证据的认定标准,如：“威胁、引诱、欺骗”可以成立非法言词证据排除规则中“等非法方法”的取证手段；《刑事诉讼法》第54条区分了非法实物证据和瑕疵实物证据；承认非法证据排除规则的放射性效力等等。四是完善非法证据排除程序,确认辩护方的程序性诉权,规范法官自由裁量权。