伊通河是松花江的二级支流，是唯一一条贯穿长春城区的河流。位于中游的新立城水库，是长春市区工农业生产的重要水源地。伊通河流经长春市区后，各种生活污水和工业废水进入河流，河水受到严重污染，常年发黑发臭，严重影响生态、景观和居民健康生活。此外，伴随着河流水质的恶化，河流水体及河底污泥的微生物安全性降低。因此，研究河道中的微生物群落结构，对于伊通河的生物监测和生物修复具有重要意义。由于河流底泥生境中存在大量不可培养的微生物，如果仅仅利用传统培养技术，无法对微生物群落结构的多样性进行深入且全面的研究，而分子生物学技术的发展，为此研究开辟了新的路径。为了探究污染河流中的微生物组成，本研究运用变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE）技术，对伊通河底泥细菌和真菌群落结构进行了分析。本研究首先对底泥样品总DNA提取方法进行了探索。研究表明，使用改进的土壤基因组提取试剂盒，可获得较好的底泥微生物DNA，并可顺利进行后续的PCR扩增。通过采集伊通河上游、中游、下游三个区段不同地点的底泥样品，提取样品总DNA，利用细菌引物968F-GC-clamp/1401R和真菌引物NS1/Fung-GC，分别扩增细菌16S rDNA的V6-V8区段和真菌18S rDNA的V1-V2区段，进行DGGE，并对获得的条带序列进行了解析。结果表明，伊通河的细菌丰富度较高，三分之一的细菌群落为污水净化菌，主要的细菌群落为厚壁菌门；伊通河的真菌丰富度较低，近一半的菌种属于污水净化菌，7种样品主要的真菌群落为子囊菌门。本研究首次采用未培养PCR-DGGE技术，系统分析了底泥微生物群落结构，并解析了底泥中具有净化潜力的微生物的分类归属，对伊通河的综合治理具有指导意义，为环境污染有用微生物的取得奠定了重要基础。