新型农村合作医疗制度作为我国现阶段农村居民的基本医疗保障制度,在确保农民获得基本医疗服务,减轻农民疾病经济负担,提高农民的健康水平方面发挥着重要作用。新型农村合作医疗保险基金是为了实施新农合而建立的专项医疗风险基金,用于补偿支付参合农民因疾病而发生的医疗费用,其运行效率是关系到新农合制度能否持续高效运行的关键所在。然而,现行新型农村合作医疗保险基金存在着筹资水平低、保障程度不高、受益不公平、基金使用率低等问题,这直接威胁着新型农村合作医疗制度的可持续发展。本论文通过搜集我国2006年31个省区新型农村合作医疗制度运行的相关数据,利用随机前沿成本模型,定量测算我国31个省区的新型农村合作医疗保险基金运行的效率,再运用比较分析方法分析评价我国东、中、西部地区新农合基金运行效率差异及原因,这对进一步提高合作医疗保险基金运行效率、完善新型农村合作医疗实施方案有着重要现实意义。本论文通过分析得出以下结论:首先,经过主成分分析方法对变量指标的筛选和随机前沿成本模型的参数估计检验,发现影响新农合保险基金运行效率的主要因素为人均基金实有额、基金的年使用率及合作医疗保险基金受益率。其次,对我国2006年31个省区的新型农村合作医疗保险基金运行效率进行测算评价,结果表明我国新型农村合作医疗保险基金运行总体效率良好,然而,相比较而言,中部地区效率最低;最后,通过对新型农村合作医疗保险基金筹集、统筹管理和补偿购买三个运行环节的分析发现,农民参合意愿不高、人均筹资额低、参合农民受益率低等是造成中部地区新农合基金运行效率低下的主要原因。本论文建议从新农合保险基金运行的三个环节来提高基金运行效率。首先,从基金筹集方面看,应将自愿参合逐步过度到强制参合,调整筹资顺序,创建多元化筹资渠道和筹资方式。其次,从基金统筹管理方面看:应进一步提高统筹层次,建立独立的新型农村合作医疗保险基金管理组织机构和管理信息系统,提高基金管理效率。最后,从基金的补偿支付方面看,应加大门诊补偿力度,改善补偿支付方式,提高补偿水平,以扩大新农合受益面、改善新农合的受益公平性。