近年来人们逐渐注意到生态环境遭到破坏往往会造成两种损害,一是针对特定主体的人身、财产损害,另一类就是针对生态环境本身的损害。前者的相关主体根据侵权责任法能够是自己的损害得到弥补,后者缺乏有效的救济途径。我国环境民事公益诉讼在一定程度上是为了弥补第二类损害产生的,但是因环境损害案件复杂性、其起诉能力的局限性,促使了生态环境损害赔偿制度的出台,即以政府为代表的行政机关作为原告提起诉讼保护环境的生态价值。本文从四个经典的生态环境损害赔偿案例展开,聚焦出我国生态环境损害赔偿制度需要解决的三大主要问题,即生态环境损害的概念和生态环境损害赔偿责任的法律定位、生态环境损害赔偿制度与关联制度之间的衔接问题、生态环境损害赔偿制度的磋商规范不完善问题。从这三个问题出发,在分析国外相关制度的基础上,立足我国相关实际情况,有针对性地提出解决方案或者完善建议。明确指出生态环境损害的法律概念,阐明生态环境损害赔偿责任的法律性质是传统行政责任与民事责任之外的独立环境责任;确立行政机关生态环境损害赔偿制度的优先地位,环保组织环境民事公益诉讼制度的辅助地位,检察院环境民事公益诉讼的兜底作用,使得相关联的制度之间形成分工合作的局面,以节约社会资源增加效率;论述生态环境损害赔偿磋商的性质是新型行政理念下的“协商行政”,并以此为基础设计出磋商规范基本规则和磋商协议的救济方式。