随着社会科技水平的提高,科技创新对区域经济增长的贡献率呈现出增长的趋势。区域科技水平越高,在国际分工中的地位越高,产品的科技附加值也就越高,所以,科技水平高的区域往往能够在区域出口贸易中获得可持续发展。因此,越来越多的国家和地区争相抢占科技资源,发展科技创新水平,以图抢占未来经济和社会发展的先机。山东半岛蓝色经济区从建立以来,重视科技发展,加之频临黄海、渤海两大海洋,具备得天独厚发展贸易的地理优势,利用科技创新驱动出口贸易结构的转型,必将为蓝区深化改革,加快经济转型作出巨大贡献。本文通过分析科技创新对出口贸易结构影响的相关理论和文献,利用计量方法,从科技创新的投入和产出角度,分析得到蓝区科技创新对出口贸易结构的影响机制,并结合蓝区的区域现状,得到结论:技术市场成交额的提高对出口贸易结构向中高端升级具有促进作用,专利申请授权数量的增加带动整个市场出口贸易的数量的增加,R&D就业人员数量的增加对促进出口贸易结构转型无实质性影响。山东半岛蓝色经济区出口贸易结构的优化升级,是出口商品结构,出口贸易方式构成,出口市场结构,出口主体结构各个层面的优化和改善,仍需要政府、企业、科研机构的多方共同协作和努力。