水库(水电站)特征水位的选择，是一个复杂的系统工程，涉及到水资源合理配置、水利水能调节和水库调度等多方面的理论知识，必须从政治、经济、技术、生态等方面进行综合分析，经过多方案比较论证才能最终确定。本论文通过对国内外水资源优化配置、水库特征水位优选研究现状分析，结合叶尔羌河流域水资源系统多目标、多水源、多工程的实际情况，按照可持续发展的原则，在充分考虑生态、灌溉、发电等部门的用水要求基础上，研究了叶尔羌河流域水资源合理配置模型及其求解方法；在水资源合理配置的前提下，用多种方法进行了阿尔塔什水库特征水位的优选；并对其修建后的经济、生态等多方面的效益进行了分析，为叶尔羌河流域水资源合理配置以及阿尔塔什水利枢纽工程的设计提供了科学依据。本论文取得的主要成果有： (1) 在分析叶尔羌河流域社会、经济和生态环境以及水资源现状、各部门用水需求等基础上，建立了叶尔羌河流域水资源优化配置模型，并采用人机对话算法进行了求解，并对水资源配置结果进行了合理性分析； (2) 根据阿尔塔什水库不同水位组合情况下叶尔羌河流域水资源合理配置结果，考虑水利、动能、投资等指标，必选并推荐了阿尔塔什水利枢纽工程的开发方案；采用投影寻踪、改进的TOPSIS法等方法对阿尔塔什水库特征水位进行了优选，对优选结果进行了对比分析，推荐了最优参数组合； (3) 从水利指标、动能指标出发，分析计算了有无阿尔塔什水库，叶尔羌河流域水资源配置结果。结论是修建阿尔塔什水利枢纽工程，可将叶尔羌河流域的灌溉保证率提高到75％，增加下游生态供水0.79亿m~3；多年平均节约水资源1.23亿m~3；增加了南北电网径流电站多年平均发电量0.55亿kW．h。阿尔塔什水利枢纽工程的修建，对叶尔羌河流域乃至南疆地区的社会、经济和生态环境的可持续发展具有重要的贡献。