蛋白质折叠的研究是生命科学的前沿课题之一，近些年来除了常规方法和技术手段，利用计算机进行分子动力学模拟已经成为研究蛋白质折叠的一种重要研究手段。但是许多人们感兴趣的生物现象都发生在毫秒甚至更长的时间内，而对于较大的生物体系的全原子模拟时间却很难达到。为了克服这个困难，同时又要保证计算精度，已经有很多理论方法被提出，如粗粒化方法和刚体动力学方法。本文我们针对不同的蛋白质分子结构建立了合适的刚体动力学模型，然后利用TINKER软件包模拟蛋白质的折叠过程。本文的主要内容包括：　　 (1)对丙氨酸饱和多肽链的折叠进行分子动力学模拟，根据丙氨酸饱和多肽链的分子结构划分了两种刚体结构，基于刚体动力学模型对17个丙氨酸饱和多肽链的折叠做分子动力学模拟，并选择在五种不同的力场(AMBER99、CHARMM27、OPLSAA、AMBER99SB和AMOEBAPRO)下分别进行。然后改变丙氨酸饱和多肽链中丙氨酸残基的数目，选择9个和13个丙氨酸饱和多肽链基于刚体动力学模型进行相同条件下的分子动力学模拟。需要注意的是这里所有刚体动力学的模拟结果都要与全原子模拟结果做对比，基于不同刚体结构的动力学模拟结果也要相互进行对比研究。结果表明刚体动力学模型对丙氨酸饱和多肽链折叠的模拟不仅与刚体结构划分、力场的选择有关，还与残基数目的多少有关。另外刚体动力学模拟在计算速度方面要比全原子模拟快。　　 (2)为了进一步拓展刚体动力学模型，本文又对2I9M饱和多肽链的折叠进行了分子动力学模拟，根据2I9M饱和多肽链的分子结构划分了两种刚体结构，并在四种不同的力场(AMBER99、CHARMM27、OPLSAA、AMBER99SB)下对其α螺旋结构分别进行刚体动力学模拟，并将刚体动力学模拟的结果与全原子模拟的结果进行了对比。研究结果表明，基于刚体动力学模型对2I9M饱和多肽链折叠的模拟中没有得到α螺旋结构，对其折叠模拟的研究还需要进一步的探索。