近年,转基因植物新品种在农业生活和生产领域发挥着越来越明显的作用。各国对农业知识产权的保护逐渐重视,转基因植物新品种的知识产权保护也越来越成为人们关注的对象,《与贸易有关的知识产权协议》亦对其提出了一定的要求。美国、日本及欧盟等先进的国家和地区都不同程度地建立起了涉及转基因植物新品种的专利保护制度,对相关的转基因技术进行较强的知识产权保护。我国转基因植物相关技术的发展已初步达到国际先进水平,现有法律制度为其提供的知识产权保护却仍然不够充分。虽然《中华人民共和国植物新品种保护条例》《中华人民共和国专利法》以及《专利审查指南》对植物新品种保护的问题进行了规制,然而,《植物新品种保护条例》所认可的客体范围存在很大局限,《专利法》规定,转基因植物新品种本身不能被授予专利权,《专利审查指南》则认为植物体具有生命体征的繁殖材料,不归属于品种权保护的范畴,《专利审查指南》涉及植物新品种有关方法专利相关规定的内部条款也存在一定漏洞。作为创新性科技成果的转基因植物新品种之专利权保护的缺失和《植物新品种保护条例》对于涉及转基因技术相关规则的不足,将严重阻碍转基因技术在植物新品种领域的进一步发展和产业化利用。在现有各发达国家对转基因技术均不同程度利用专利制度进行保护的国际背景下,完善和强化我国转基因植物新品种权的知识产权保护迫在眉睫。通过对美国、欧盟及日本等发达国家关于转基因植物知识产权保护的立法经验和实施过程进行剖析,辅以合法性与必要性的论证,结合参考发达国家判例发展及立法过程,在此基础上,结合我国国情,可提出适用于我国在转基因植物新品种保护中的完善建议。我国完善品种权保护规则和制定关于转基因植物新品种专利保护的有效法案是下一步的工作重点。针综上所述,我国可选择参考欧盟的立法过程,采取以下几项措施进行相关的制度完善:第一,修改《植物新品种保护条例》相关条款,将涉及植物新品种有关转基因技术的知识产权保护的客体范围进行扩大。第二,合理配置转基因植物新品种保护的期限,进行适当延长。第三,协调转基因植物权新品种育种者与农民留种权之间的利益平衡。由这三条出发,我国的转基因植物新品种知识产权保护,既能够和国际接轨,又充分体现我国的国情特色。